以下内容包含2016年福建本科院校、独立学院、民办大学在福建地区内的排名，以及每个大学在全国同层次高校的排名情况。
目录：
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福建省普通本科高校排名
| 本省 排名 | 学校名称 | 全国 排名 | 总分 排名 | 科学 研究 | 人才 培养 | 声誉 排名 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 厦门大学 | 19 | 71.66 | 71.95 | 71.08 | 73.01 |
| 2 | 福州大学 | 77 | 63.96 | 62.54 | 64.62 | 66.90 |
| 3 | 福建师范大学 | 93 | 63.41 | 62.60 | 64.81 | 60.66 |
| 4 | 福建农林大学 | 145 | 62.50 | 61.41 | 64.03 | 60.33 |
| 5 | 华侨大学 | 178 | 62.16 | 60.93 | 63.59 | 61.00 |
| 6 | 福建医科大学 | 253 | 61.77 | 60.50 | 63.34 | 60.16 |
| 7 | 集美大学 | 326 | 61.56 | 60.26 | 63.06 | 60.33 |
| 8 | 福建中医药大学 | 329 | 61.55 | 60.31 | 63.04 | 60.16 |
| 9 | 闽南师范大学 | 414 | 61.40 | 60.09 | 62.96 | 60.00 |
| 10 | 泉州师范学院 | 482 | 61.34 | 60.03 | 62.90 | 60.00 |
| 11 | 福建工程学院 | 524 | 61.19 | 60.12 | 62.46 | 60.00 |
| 12 | 厦门理工学院 | 531 | 61.18 | 60.07 | 62.46 | 60.16 |
| 13 | 闽江学院 | 547 | 61.16 | 60.03 | 62.46 | 60.16 |
| 14 | 莆田学院 | 561 | 61.15 | 60.05 | 62.45 | 60.00 |
| 15 | 宁德师范学院 | 588 | 61.14 | 60.02 | 62.46 | 60.00 |
| 16 | 武夷学院 | 617 | 61.13 | 60.00 | 62.46 | 60.00 |
| 16 | 三明学院 | 617 | 61.13 | 60.00 | 62.46 | 60.00 |
| 16 | 龙岩学院 | 617 | 61.13 | 60.00 | 62.46 | 60.00 |
| 19 | 福建江夏学院 | 695 | 60.01 | 60.02 | 60.00 | 60.00 |
