公司合并与股权收购作为两种不同的法律行为，存在很重大的区别：

1、主体不同

公司合并是公司间的行为，主体是参加合并的各公司。公司合并要由参加合并的各公司作出决议，要有合并各方公司签订协议。股权收购是收购公司与目标公司的股东之间的交易行为，主体是收购公司与目标公司股东。协议收购中，收购方要与目标公司的股东订立协议;要约收购中，收购方要向全体股东发出要约。不论哪种方式，股份的出售者都是目标公司股东。与此相连的是股份收购决策的分散型和交易的困难性。

2、效力不同

公司合并的效力使公司实体发生变化，被并公司解散，丧失法律人格。吸收合并中，被吸收的公司解散，丧失法律人格，并入存续公司。新设合并中，各方都解散，丧失法律人格，新设公司取代合并各公司。

收购的效力使目标公司控股股东发生变化，目标公司本身不发生变化，依然存续。在股权收购中，收购方成为目标公司的控股股东，目标公司作为收购方的控股子公司而存在。在整个收购中，收购方成为目标公司唯一的股东，目标公司作为收购方的公司而存在。在整个收购中，收购方成为目标公司的唯一股东，目标公司作为收购方的全资子公司而存在。

于此相连，权利义务的承担也不同。公司合并中解散公司的权利义务由合并后存续公司和新设公司承担，公司收购中，目标公司本身未发生变化，并未丧失法律人格，其权利义务由目标公司自身承担。

3、性质不同

公司合并须由双方达成合并协议，是双方平等协商、资源合作的结果。合并公司与被合并公司处于“友好”关系中。双方平等自愿协商的结果，合并双方表面上也呈“友好”关系状态。在股权收购中，收购者与被收购的目标公司的关系就不尽一样。当被收购公司的管理层对收购响应并积极配合时，收购就成“友好”收购性质。当被收购公司管理层拒绝、阻碍收购时，收购就呈“敌意”收购性质。