波又起，赖昂学成归来，在鲁昂的事务所实习。查理夫妇去看戏时碰到了他，爱玛又陷入新的感情漩涡……
　　
　　第三部开始，爱玛借口去鲁昂学钢琴，实则每个周四都和赖昂幽会，共度良宵。爱玛又开始享受到苟合的乐趣，并且愈演愈烈。她四处借钱，为通奸的场所创造舒适条件，最终引火烧身，商人勒乐通过法院传票，逼她还债。最终包法利夫人无计可寻，偷了药剂师实验室里的一瓶砒霜，服毒自杀。而查理因为伤心过度，日渐颓废。女儿白尔特寄人篱下，后进了纱厂，而药剂师大走红运，生意兴隆。
　　
　　查理一直深爱着爱玛，当他发现爱玛一抽屉的情书时，他并不嫉妒和痛恨赖昂和罗道耳弗，而认为错的是命。在这方面，他显得比任何人都高贵，但他错就错在无知，过度的宽容。要是他心思细腻一点，懂得爱玛的想法，就不会酿成这部悲剧了。
　　
　　书中有大量的情态描写和心理描写，充分说明爱玛是个爱幻想，贪慕虚荣，追求浪漫的女人。正因为她这种心理和查理带给她的婚后枯燥乏味的生活，她才几次三番地越轨，不惜一切代价和其他男人苟合，追求她所谓的爱情，才落得这般悲惨的下场。虽然作者福楼拜描写的只是一般的桃色事件，但是他触及到了更深和广阔的方面，可以说爱玛的悲剧不只是她一个人的悲剧，更是一个时代的悲剧。