预算编制质量的优劣直接关系到事业单位各部门各项工作的开展和完成，因此我们除了加强对部门预算编制工作的重视度之外，还要提升部门预算编制的质量，事业单位的领导应该亲自莅临到统筹预算编制的制定工作中去，遵循合法性、协调性、权威性的准则来制定预算编制工作，力求预算编制做到零基预算和细化预算，对事业单位的具体收支标准要做到详细规定，另外还要准确标出各项资金支出的用处和去向，能细化到具体项目的要力求具体化、细致化，各部门在完成具体的预算目标过程中要做到严厉的自我约束，严厉禁止随意添加支出项目，超出预算范围等等行为。

3、区别一般性支出和重要性支出

部门预算的编制应该严格依照本部门的实际发展情况和自身的财力进行编制，把一般性支出和重要性支出按重要程度标示出来，在严格保障重点性支出需要，从严对待一般性支出，单位的财务预算编制详细的要包括本单位的全部财务收支，事无巨细，方方面面都要编制到。

4、对事业单位物资财产要做好内部控制，力求内部控制做到对每个员工的行为进行约束

对事业单位的各项物资财产要做到定时按期进行盘点，并将盘点结果和会计账目进行对比，发现问题要及时上报领导，找出原因，追查责任，将责任要追踪到具体的人身上，不能办糊涂事做糊涂账，防止有不法分子中饱私囊的违法乱纪行为，一旦发生资产损毁要严格依照法定程序向领导报告，经领导核准后才能核销。　　对于事业单位的资产管理账目要力求做到清晰明白真实有效，需要严格的授权审批手续，事业单位各项经济活动必须严格依照授权审批手续才能完成，务必准确明示部门员工的权限和义务，做到内控制度对每个员工的行为做到约束。

5、完善内部制度做好各个部门的协调发展、共同努力

完善内控制度要做好统筹成本控制和单位效益的协调关系、财务内控制度和会计自身职业素养的之间的关系、旧式的内控方法和新颖的适合单位发展的内控方式之间的关系，只要我们在日常工作中做到对以上三对关系的正确处理，就可以使内控制度的优势在单位内充分发挥出来，与此同时，单位各部门要做好协调共同努力，尤其是单位的财政部门、审计部门，要做好对预算部门内部控制的监察，财政部门主管内部控制工作，在日常生活中财政部门除了要提高对预算机构内控制度建设的构造和领导，还要不断促使预算部门提升对财务管理内控制度的充实和完备。审计部门是监督部门，除了做好平常的监察监督外，还要定时不定期的对整个预算机构的财务内控制度以及执行度进行监督审查，以督促其健康良性发展。