研究所（18个）：基础医学研究所、临床医学研究所、心血管病研究所、肿瘤研究所、整形外科研究所、血液学研究所、皮肤病研究所、实验动物研究所、药物研究所、医药生物技术研究所、医学信息研究所、微循环研究所、放射医学研究所、生物医学工程研究所、输血研究所、医学生物学研究所、药用植物研究所（设有海南分所、云南分所）、病原生物学研究所
国家级重点实验室(4个):医学分子生物学实验室、分子肿瘤学实验室、实验血液学实验室、病毒基因工程实验室
部委级重点实验室(9个):卫生部天然药物合成实验室、卫生部内分泌实验室、卫生部抗生素生物工程实验室、中医药管理局重要资源利用与保护研究实验室、卫生部微循环实验室、卫生部心血管药物临床研究实验室、卫生部心血管疾病再生医学研究实验室、教育部中药现代化研究实验室、教育部心血管病相关基因与临床研究实验室
国家重点学科（18个）：遗传学、细胞生物学、生物化学与分子生物学、免疫学、病理学与病理生理学、内科学（心血管病）、内科学（血液病）、内科学（消化系病）、内科学（内分泌与代谢病）、皮肤病与性病学、影像医学与核医学、外科学（胸心科）、妇产科学、肿瘤学、麻醉学、药物化学、微生物与生化药学、药理学。
