徐州生物工程职业技术学院前身是创建于1956年的江苏省徐州农业学校，1958年增挂“徐州农业专科学校”，“文革”期间停办，1978年恢复农校，2002年经省政府批准更名为“江苏省徐州生物工程学校”，2003年成为“徐州生物工程高等职业学校”，同时成为“江苏联合职业技术学院徐州生物工程分院”，2010年1月，获批筹建职业技术学院，2012年2月升格为“徐州生物工程职业技术学院”。学校隶属徐州市人民政府管理，目前是苏北唯一的农业类高等院校，江苏省唯一的生物工程类职业学院。

学校占地面积40.9万平方米，总建筑面积17万平方米，资产总值3.23亿元，教科研仪器设备值4897.94万元，建有110个校内实验实训基地（实训室），纸质图书31.9万册。学校内设机构22个，其中教学部门13个。设有农林工程系、动物工程系、生物工程系、财经信息系、机电工程系5个专业系，基础部、思政部、体育部3个教学部和1个继续教育学院。现有教职工328人，其中校内专任教师236人。其中副教授以上高级职称88人，具有研究生学位教师121人，“双师型”教师191人。

学校设有契合区域产业发展的三年制高职专业20个，五年制高职专业14个。形成了以农林牧类专业为强大优势，生物技术类专业为显著特色，财信机电类专业为有力支撑的专业结构。有2个中央财政支持专业（畜牧兽医、园林技术）、1个江苏省重点专业群（生物技术及应用专业群）、3个牵头服务徐州“四大千亿元产业”重点专业（园艺、园林、生物制药）、1个徐州市重点实验室（现代农业生物技术实验室）、9个中心（徐州市风景园林、绿色植保、生物制药、动物疫病、畜牧、绿色洁净复合钎料、药物检测、农业物联网、微电子扬声器工程技术研究中心）。