严格按照甘肃省教育厅、省物价局、省财政厅甘价费有关文件的规定进行收费。普通专科（高职）生、三职生每人每学年学费为4500元（畜牧兽医类、食品类专业每人每学年学费为4200元）。

甘肃畜牧工程职业技术学院是由甘肃省畜牧学校和甘肃省农业机械化学校两所国家级重点中专于2004年6月经甘肃省人民政府批准，合并组建的专科层次的普通高等学校，隶属甘肃省教育厅。

原甘肃省畜牧学校始建于1952年9月，其前身为“西安畜牧学校”隶属西北军政委员会畜牧部管理。1954年，学校移交甘肃省，1958年学校由西安市搬迁至黄羊镇，同时更名为“甘肃省畜牧学校”，隶属甘肃省农牧厅。1960年经甘肃省委批准成立“甘肃省畜牧兽医专科学校”，1961甘肃省畜牧兽医专科学校撤销，1970年学校下放给原武威地区，易名为“甘肃省武威地区畜牧学校”，1979年学校收归省属，隶属甘肃省农牧局，回复“甘肃省畜牧学校”名称。学校1980年、1994年、2000年三次被评为国家级重点中专。原甘肃省农业机械化学校，创建于1958年，1960年经甘肃省人民政府批准成立“甘肃省农业机械化学院”，1961年撤销学院恢复原校名。1969年学校实习工厂改为“甘肃第二拖拉机配件厂”，学校附属于工厂，成为“厂办校”，隶属甘肃省机械工业局。1975年恢复“甘肃省农业机械化学校”名称，隶属甘肃省农业机械管理局，2000年机构改革归甘肃省农牧厅领导。2001年被评为国家级重点中专。两校为邻，优势互补，交流合作，在50多年的办学历程中为社会培养了43000余名畜牧兽医、机电工程类专业技术人才，为地方经济和社会发展作出了重要贡献。学院曾被国家教委、计委、劳动部等五部委授予“全国职业技术教育先进集体”；被农业部授予“中等农业教育改革先进单位”、“加强实践教学为农村经济建设服务先进单位”；被国家教委、团中央授予“全国教育系统先进单位”；被省委、省政府授予“甘肃省职业教育先进集体”等。有13名教师被教育部、农业部、省委省政府分别授予“全国优秀教师”、“全国中等农业学校优秀教师”、“农业部优秀教师”、“甘肃省园丁奖”、“甘肃省职业教育先进个人”等荣誉称号。两校合并成立高职学院，实现了跨越式发展，从此进入全新的发展时期。