1.原核类：具细胞结构，但细胞内无核膜和核仁的分化，也无复杂的细胞器。包括：细菌(杆状、球状、螺旋状)、放线菌、蓝细菌、支原体、衣原体、立克次氏体、螺旋体。 ①细菌：乳酸菌、硝化细菌(代谢类型);肺炎双球菌S型、R型(遗传的物质基础);结核杆菌和麻风杆菌(胞内寄生菌);根瘤菌、圆褐固氮菌(固氮菌);大肠杆菌、枯草杆菌、土壤农杆菌(为基因工程提供运载体，也可作为基因工程的受体细胞);苏云金芽孢杆菌(为抗虫棉提供抗虫基因);假单孢杆菌(分解石油的超级细菌);甲基营养细菌、谷氨酸棒状杆菌、黄色短杆菌(微生物的代谢);链球菌(一般厌氧型);产甲烷杆菌(严格厌氧型)等 ②放线菌：是主要的抗生素产生菌。它们产生链霉素、庆大霉素、红霉素、四环素、环丝氨酸、多氧霉素、环已酰胺、氯霉素和磷霉素等种类繁多的抗生素(85%)。繁殖方式为分生孢子繁殖。 ③衣原体：砂眼衣原体。 2.真核类：具有复杂的细胞器和成形的细胞核。包括：酵母菌、霉菌(丝状真菌)、蕈菌(大型真菌)等真菌及单细胞藻类、原生动物(大草履虫、小草履虫、变形虫、间日疟原虫等)等真核微生物。 霉菌：可用于发酵上工业，广泛的用于生产酒精、柠檬酸、甘油、酶制剂(如蛋白酶、淀粉酶、纤维素酶等)、固醇、维生素等。在农业上可用于饲料发酵、生产植物生长素(如赤酶霉素)、杀虫农药(如白僵菌剂)、除草剂等。危害如：可使食物霉变、产生毒素(如黄曲霉毒素具致癌作用、镰孢菌毒素可能与克山病有关)。常见霉菌主要有毛霉、根霉、曲霉、青霉、赤霉菌、白僵菌、脉胞菌、木霉等。