由辅助因子参与作用的酶称为结合酶。其中酶的蛋白质部分称为酶蛋白。根据与酶蛋白结合的牢固程度又分为辅酶和辅基两类。辅酶为结构复杂的小分子有机物，辅基则常以共价键与酶蛋白牢固结合，不易与酶蛋白分离。酶辅助因子主要是各种金属离子，如Zn2+、Fe2+、Cu2+、Mn2+、Ca2+、Mg2+等。 (1)维生素与辅酶的关系 维生素可分为水溶性及脂溶性两大类。水溶性维生素中有多种B族维生素，在体内参与辅酶的组成。脂溶性的维生素K还原后作为凝血因子Ⅱ、Ⅶ、Ⅸ、Ⅹ等蛋白质中谷氨酸-γ-羧化酶的重要辅助因子。 (2)辅酶作用：辅酶及辅助因子，在酶促反应中起着传递电子、原子或某些化学基团的作用。 (3)金属离子作用：金属离子是酶的重要组成成分，能与酶及底物形成各种形式的三元络合物，不仅保证了酶与底物的正确定向结合，而且金属离子还可作为催化基团，参与各种方式的催化作用。