东南大学土木工程学科在现代混凝土及预应力混凝土结构体系，高柔和大跨空间结构、工程结构抗风抗震、减振与振动控制，工程结构健康监测，耐久性与安全评估，工程结构抗震加固，工程结构抗震加固，工程结构防灾安全性评价，组合结构体系，混凝土及预应力混凝土桥梁结构，新型材料及新结构体系，大跨径桥梁、隧道、地铁结构，地下工程现代测试及反分析技术等方面，取得了一批达到国内领先水平和国际先进水平的科研成果。

近几年该学科承担了包括“973”、“863”、国家自然科学基金重点(重大)项目等数十项纵向科研项目。取得了包括国家科技进步二等奖、教育部自然科学一等奖、江苏省科技进步一等奖等标志性成果。同时，该学科积极参与国家和部省重大重点工程技术攻关，并成功地解决了众多关键性技术难题。研究成果成功地应用于南京奥体中心、南京国家展览中心、哈尔滨国际发展文化体育中心、郑州国际会展中心、南京长江二桥、南京三桥、苏通长江大桥、润扬长江大桥、杭州湾大桥、兰州雁盐黄河大桥、南京地铁、上海地铁、上海新国际博览中心、南京电视塔、合肥电视塔、北京新机场指挥塔台、宿迁交通大厦(9度区)、北京新机场大跨维修机库、北京银泰中心、西安长庆石油勘探局科研楼、南京国际金融中心大厦、南京新世纪广场、山东世贸中心、江南大酒店平移、云南元江大桥、阿迈江大桥、南京城墙、南唐二陵、朝天宫大成殿等一大批国家和省市重点工程中。