但也需注意的是，虽然“五证合一、一照一码”登记制度改革能减少企业创立时的各种制度性成本，不仅方便群众，还能吸引越来越多的人投身创业大军，但对相关部门而言，实施“五证合一、一照一码”登记制度改革还需要面对多方面挑战。

例如，要实施“五证合一”，所涉及的政府部门不仅仅限于工商，还有质监、国税、地税、社保、统计、财政等多个部门，需要它们之间进行有效协调才能顺利推进;同时，各地区、各部门的信息基础不同，各个部门也大多未采用统一的信息平台，因而在数据对接上还会有一定的难度。

此外，对于“一照一码”而言，代码的后续监管尚未健全。例如，我国当前对统一社会信用代码的监管仍然不足，有些地区的企业在注册登记时，组织代码会无法自动带出，很容易造成同号不同企业的情况，继而引发后续一系列的问题。

有观点指出，只有让数据能够顺利地在网上跑，才可以有效地打破部门间的“信息孤岛”，也才能真正让企业少跑腿。

对此，《通知》也提出，在推进“五证合一、一照一码”登记制度改革的过程中，政府部门要确保标准统一规范、信息共享互认、流程简化优化、服务便捷高效等四项原则。

即，要建立健全并严格执行企业登记、数据交换等方面的标准，确保全流程无缝对接、流畅运转、公开公正;强化相关部门间信息互联互通，实现企业基础信息的高效采集、有效归集和充分运用，以“数据网上行”让“企业少跑路”;简化整合办事环节，强化部门协同联动，加快业务流程再造，务求程序上简约、管理上精细、时限上明确;拓展服务渠道，创新服务方式，推行全程电子化登记管理和线上线下一体化运行，让企业办事更方便、更快捷、更有效率。

在完善一站式服务工作机制方面，全面实行“一套材料、一表登记、一窗受理”的工作模式，申请人办理企业注册登记时只需填写“一张表格”，向“一个窗口”提交“一套材料”，登记部门会直接核发加载统一社会信用代码的营业执照，相关信息在全国企业信用信息公示系统公示，并归集至全国信用信息共享平台。

在推进部门间信息共享互认方面，制定统一的信息标准和传输方案，改造升级各相关业务信息系统和共享平台，健全信息共享机制，确保数据信息落地到工作窗口，并在各相关部门业务系统有效融合使用。

在做好登记模式转换衔接工作方面，已按照“三证合一”登记模式领取加载统一社会信用代码营业执照的企业，不需要重新申请办理“五证合一”登记，由登记机关将相关登记信息发送至社会保险经办机构、统计机构等单位。取消社会保险登记证和统计登记证的定期验证和换证制度。没有发放和已经取消统计登记证的地方通过与统计机构信息共享的方式做好衔接。