(六)预算外资金监管不力，把预算外资金视同部门和单位的自有资金
由于事业单位对预算外资金认识上存在偏差，缺乏一套完整、规范、统一的资金的管理制度，只实行简单的收支两条线方式，在资金管理方面形成不了齐抓共管的合力，管理效果不明显。
(七)缺乏完善的内控有效性的评价体系和责任追究体系
目前，事业单位的内部控制自我评价并未引起重视，很多单位依据规定建立了必要的内部控制制度，并在一定程度上实施了内部控制，但这并不意味着它就在实际工作中发挥了其应有的作用。在内部控制执行过程中，对控制失效现象严重的情况也未建立责任追究制。
(八)内部控制信息化建设远滞后于需求
分析目前的状况，无法量化投入产出比，是制约信息化发展的最重要因素。与发达国家相比，我国在内控信息技术研发方面，从理论、方法、技术到产品都处于落后的状态。但有别于发达国家的是，我国的内控信息化建设有着更为强劲的需求。
事业单位内部控制工作中存在的问题与建议
新形式下，建立健全行政事业单位建立内部控制，是顺应现代管理发展的需要，加强财务管理的重要措施，也是贯彻落实中央关于党风廉政建设和反腐败工作新部署、新要求、扎紧制度笼子的需要，但是笔者在审计中发现，部分行政事业单位内部控制工作存在诸多问题，为此，本文试通过对相关问题进行梳理，提出加强健全内控防范机制的建议，为进一步加强行政事业单位内控制度建设提供参考。
一、行政事业单位内部控制建设的重要性
行政事业单位的内部控制是内部管理制度的重要组成部分，是指单位为了保护资产的安全、完整，提高会计信息质量，确保有关法律法规和规章制度及单位经营管理方针政策的贯彻执行，避免或降低风险，提高经营管理效率，实现经营管理目标而制定和实施的一系列控制方法、措施和程序。
1.保障国家财政资金的安全和完整
由于行政事业单位的性质，资金多为财政拨款，如何管好用好财政资金，减少或防止个人贪污、非法侵占国有资产，必须建立和有效实施内部控制制度，使得行政事业单位的经济活动按照制度有章可循，规范各类收支行为，确保收入及时入账，未设账外账，合理支出。避免财务工作的随意性，造成国有资产不正当流失，从源头上保障财政资金的安全完整。
