3.会计基础薄弱，预算控制缺乏力度随着行政事业单位财政改革和信息化进程的加快，会计基础薄弱和预算控制等问题也逐渐显现出来。在会计基础方面，一是缺乏成本核算要求，会计核算不规范，不重视资产的核算和管理，对固定资产缺乏定期的清查盘点，财务处理不规范，例如对于应纳入单位固定资产账户进行核算，并未体现在单位账目上;二是原始凭证问题，部分单位存在会计原始凭证失真现象，原始凭证填写不规范，或是违规编制虚假的自制的原始凭证，既影响到单位会计信息质量，又造成了国家资产的流失和财政收入的减少;三是财会人员素质问题，随着行政事业单位改革的进一步深化，对单位财会人员素质提出了更高的要求，当前单位财会人员缺乏足够的教育和培训，缺乏独立解决问题的能力，大大降低了会计工作的效率，影响财会数据准确性。在预算控制方面，主要表现为单位的预算编制比较粗糙，预算编制未能细化到具体项目，且预算编制更多的是基于上年的收支情况和当年的财政状况来核定，科学性不强，或是预算涵盖范围有限，预算刚性偏弱，缺乏预见性，从而削弱了预算的约束控制力。
4.内外部监督控制力度不够
内部审计是内部控制的重要环节，当前部分行政事业单位并未设立内部审计机构，或是虽然设立了相应的机构，但却缺乏足够的权威性和独立性。在审计内容上，对指定效率的评价涉及不多，且部分单位存在“一言堂”现象，领导集权严重，内部审计人员不能认真履行内部审计的职责和权限,没有如实、公正地编写审计报告，内审机构形同虚设，无法发挥其应有的监管作用。在外部监督方面，财政部门和审计部门大多侧重检查单位资金的使用是否合理、合法，对单位是否具有完善的内部控制制度未进行实质性检查，外部监督缺乏力度是单位内部控制制度执行不力的一个重要影响因素。
三、行政事业单位内部控制的改进措施
1.强化单位内部控制意识，营造良好的内控环境
行政事业单位内部控制的成败很大一部分取决于单位人员的意识和行为，其中更为关键点是单位领导者的内控意识。首先，行政事业单位领导者在内部控制的执行过程中应起带头作用，强化内部控制意识，使其充分认识到内部控制制度建设的重要性，并对内部控制制度建设的合理性和有效性负主要责任;其次，加强对单位全体员工的教育和培训，通过宣传和教育使全体员工深入了解内部控制的内涵，同时明确各个岗位在内部控制执行过程中的职责，增强他们在内部控制中的责任意识;再次，营造良好的内部控制环境，建立与内部控制相关的单位文化，使整个单位沉浸在良好的内控氛围中，有助于内部控制的有效执行。
