(二)完善内控制度建设，加强内控机构的权威性与独立性
　　事业单位内部控制体系并不是独立存在的，而是与众多规章制度息息相关。事业单位在健全内控制度的同时，还应完善与之相关的其他制度，只有这样，才能在一定程度上保障内部控制的有效实现。除此之外，事业单位还应强化内控制度的其权威性和独立性，对单位内部控制制度的设计及运行的有效程度定期作出评价，在发现问题时，应及时纠正。

(三)建立完善的集体决策和议事机制
　　事业单位的决策权应该受到相关机构的监督，比如，事业单位应对重大事项进行认真的调查研究并对其进行风险分析，在经过必要的研究论证程序后，充分吸收各方面意见，最终决策应通过党组会、办公会或部门与科室联席会讨论决定。事业单位采用集体决策制，可以有效的规避错误和风险。

(四)加强财务管控和业务过程的协同，强化资产管理
　　事业单位应把业务过程和财务管控有机地结合起来，让财务控制渗透到业务活动的每个环节，只有这样，才可能避免业务过程中的舞弊。
　　事业单位还应加强固定资产的盘点，组织专门人员对固定资产进行定期或不定期的清查。对盘盈、盘亏、报废、损毁固定资产要查明原因，视不同情况分别进行处理。事业单位应依据清查中出现的问题，不断修改和完善固定资产管理的各项内控制度。小型事业单位要设立专门的岗位，配备专、兼职的人员管理财产，大型事业单位要设立专用设备管理部门，并配备相应的管理技术人员和维修人员，负责专用设备的验收和日常的设备维护以及报废设备的技术鉴定。

(五)加强预算外资金的监管，健全监督机制
　　事业单位在将预算外资金缴入财政账户的同时，也关心相关财政部门让它支多少、怎么支的问题，这就决定了预算外资金的收入机制要与支出机制的建立相联系。事业单位在收入方面，要合理合法;在支出方面，应体现以收定支，核定支出基数，并借鉴预算内一些有效的方法来建立一整套的开支标准、考核依据及管理制度。健全监督机制，确保专款专用，对不合理的支出能及时发现、及时纠正，堵塞漏洞，防止不正之风和腐败现象的发生。

(六)开展内部控制有效性评价工作，保证控制目标的实现
　　内部控制自我评价应由事业单位全体管理者和工作人员共同利用系统化的方法来进行。在内部控制自我评价过程中，首先，应设立全面的评价指标，评价指标全面渗透到评价单位内部控制的全过程，涉及所有业务和全体人员;同时，评价指标要以事实为基础，指标结构科学、清晰、合理，评价指标要具有独立性，保证评价各个环节独立。对内部控制制度自我评价过程中发现的问题，应结合事业单位内部控制特点制定改进措施。