五部委联合组成10个督查组，对全国31个省(区、市)土地市场秩序治理整顿工作进行全面督查。到2003年年底，土地市场秩序治理整顿取得重要成果：各地停止审批设立新的开发区和开发区扩区;查清原有各类开发区6015个，已撤销3763个;各地发现土地违法行为17.8万件，立案查处12.7万件，结案12.4万件，罚没款12.2亿元，收回土地面积5878.4公顷。有925人被依法给予党纪政纪处分，132人被依法追究刑事责任;排查出违规出让经营性土地使用权2822宗，有效规范了现有土地使用权出让行为。

2004年3月30日，作为土地市场治理整顿的一个重要内容，国土资源部和监察部联合下发了《关于继续开展经营性土地使用权招标、拍卖或者挂牌出让隋况执法监察工作的通知》(国土资发[2004]71号)，要求各地继续做好经营性土地使用权招标、拍卖或者挂牌出让执法监察工作，全面推行并严格执行经营性土地招标、拍卖或者挂牌出让制度，建立健全具体制度和操作规范，认真纠正和严肃查处土地出让中违规操作的问题和违纪违法行为。在这个文件中，明确了2002年7月1日《招标拍卖挂牌出让国有土地使用权规定》(国土资源部令第11号)实施后协议出让土地中的历史遗留问题必须在2004年8月31日之前处理完毕，否则土地管理部门有权收回土地。侧重从监督检查和对违法案件的查处角度推进落实经营性土地招标、拍卖或者挂牌出让制度。

针对一些地方政府和部门规避法定的农用地转用和土地征收审批及缴纳有关税费，“以租代征”，即通过租用农民集体土地进行非农业建设，擅自扩大建设用地规模，不落实耕地占补平衡法定义务，干扰建设用地管理秩序的状况。2005年8月22日，国土资源部下发了《关于坚决制止“以租代征”违法违规用地行为的紧急通知》(国土资发[2005]166号)，要求用于农林开发的农民集体土地不得擅自改变土地用途，将农用地转为非农业建设用地。

对于进行农民集体建设用地流转试点和征地制度改革试点只限定在试点地区。以转让、出租、作价人股等方式进行农民集体建设用地流转试点的，必须是已经依法批准为建设用地的农民集体所有土地;必须符合土地利用总体规划及城市(村庄和集镇)规划;必须按规定经农村集体经济组织和农民的同意;必须按规定签订流转合同，报县级以上国土资源部门批准后，办理土地变更登记手续。