对于联营项目，由于营业税与成本费用基本没有关系，以工程总造价为计税依据计征营业税，不存在税款抵扣问题，联营合作方往往没有健全的会计核算体系，没有索取发票的意识。实行增值税后，增值税与工程造价、成本费用密不可分。如果联营合作项目在采购、租赁、分包等环节不能取得足够多的增值税专用发票，那么增值税进项税额就很小，可抵扣的税款较少，缴纳的税款较多，税负甚至超过项目的利润率，总包方和联营合作方都将无利可取，涉税风险会威胁到联营合作项目管理模式的生存和发展。

(四)对企业管理的影响

施工企业施工项目分散在全国各地，材料采购的地域也相应分散，材料管理部门多而杂，每笔采购业务都要按照现有增值税发票管理模式开具增值税发票，且数量巨大，发票的收集、审核、整理等工作难度大、时间长。按现行制度规定，进项税额要在180天内认证完毕，其工作难度非常大。现实中的税务问题并不如理论分析的简单，如拿到对方开来的发票，应注意是否为专用发票，发票上的时间，发票章是否正确等。这些无疑对施工企业财务人员，乃至经营部门工作人员等提出了更高的要求。另外，营业税与增值税的纳税地点不同，建筑施工企业由于其经营特点，纳税地点也会产生较大变化。

(五)对财务会计的影响

由于建筑施工企业购置的原材料、辅助材料等存货成本和机械设备等固定资产需要按取得的增值税发票扣除进项税额，这样，企业的资产总额将比没有营改增前有一定幅度下降，引起资产负债率上升。

对于企业的财务报表，营改增之前，主营业务收入是含有营业税的，属于含税收入额，营改增之后，主营业务收入不包含增值税，属于税后收入额，由于两种不同的计算方法，企业的利润率数值也不同，假定企业在实行营业税与增值税的营业收入与实际税负相等，营改增后会出现企业营业收入减少而利润率升高的现象。

对企业现金流量的影响。由于建筑施工企业普遍实行的是代扣代缴营业税方式，建设单位验工计价时，采取从验工计价和付款中直接代扣营业税，营改增后，建设单位将不能直接代扣代缴增值税，而直接由建筑施工企业在当期向税务机关缴纳增值税，但此时建设单位验工计价并不立即支付工程款给建筑施工企业，也即缴纳增值税在前，收取工程款在后，有时滞后时间比较长，这将导致企业的经营性活动现金净流量增加，加大企业资金紧张程度。