县级财政部门收到上级下达的惠农补贴指标后，会同农业、林业等业务主管部门，按照惠农补贴政策及资金发放的要求，及时将当期应发放的惠农补贴资金指标统一下达到各乡镇。

乡镇政府根据财政惠农补贴资金的政策要求，对农户基础信息进行调查登记，并将补贴资金的项目、对象、标准在乡、村、组张榜公示，公示结束后，将财政惠农补贴资金分户登记表和汇总表送县级业务主管部门审核同意后，提交县级财政部门。

县级财政部门将当期分户发放清册和有关电子数据传送给代发金融机构，并将资金通过国库或财政特设专户拨至财政部门在代发金融机构指定的“惠农补贴资金发放专户”，对财政惠农补贴资金实行“一个漏斗向下”管理。

代发金融机构收到当期补贴资金后，凭发放清册和电子数据，分清条目，限期将补贴资金打入农户“一折（卡）通”存折，并在发放清册上加盖业务公章，返回财政部门记帐、存档。乡镇财政所接到代发金融机构反馈信息后，及时发布当期财政惠农补贴资金发放公告或通知，告之补贴对象可凭存折和户主有效身份证到代发金融机构领取补贴资金。

次年初，市县财政部门及时向省级财政部门上报惠农补贴资金决算报表，省级财政部门据实进行各项惠农补贴资金清算。