学校有33个本科专业，涉及医学、理学、工学、管理学、文学、法学、教育学等七大学科门类。目前有全日制在校生15940余人（不含独立学院——温州医科大学仁济学院），其中博士研究生107人，硕士研究生2740余人，学历教育留学生690余人。学校已形成从本科生到硕士生、博士生及博士后，从全日制到成人教育、留学生和港澳台学生教育全方位、多层次的人才培养体系。

学校现有教职员工及医护人员9350余人（含附属医院），其中具有高级专业技术职务1600余人。学校本部现有专任教师1350余人，其中具有正高级专业技术职务333人，具有副高级专业技术职务427人。一批优秀教师入选国家“千人计划”、国家“万人计划”、“长江学者奖励计划”、国家“百千万人才工程”、国家有突出贡献中青年专家、教育部“新世纪优秀人才支持计划”、国家卫生计生委有突出贡献的中青年专家、省特级专家、省“千人计划”、省高校特聘教授等。

目前学校拥有国家特色专业建设点4个、国家级教学团队1个、国家级人才培养创新实验区1个、国家级实验教学示范中心2个、国家级实践教育基地1个、国家级精品课程5门、国家双语教学示范课程1门、国家级精品资源共享课程5门。获教育部“卓越医生教育培养计划”试点项目5个、国家专业综合改革试点项目1个。获国家级教学成果二等奖2项、省级教学成果奖一等奖7项。临床医学类毕业生参加国家执业医师资格考试通过率一直位居全国前10%。

近年来，学校承担省部级以上科研项目1530余项，其中国家级科研项目630余项，科研成果获得省部级以上奖励50余项，其中获国家科技进步奖一等奖（参与）、国家科技进步奖二等奖4项（主持3项，参与1项）、国家技术发明奖二等奖1项、中华医学科技奖一等奖3项、中国药学会科技奖一等奖1项、浙江省科学技术奖一等奖9项。

学校积极推进教育国际化，与22个国家（地区）的一百余所高校、教育科研机构建立了良好的交流合作关系，开展包括合作办学、互派学者、学生交流交换、合作研究等各种形式的合作项目。分别与泰国东方大学、纽约州立大学合作成立了孔子学院。