学校设有各级各类研究中心：玉溪市经济社会发展研究中心、玉溪高原湖泊生态环境研究中心、污染控制与生态修复研究中心、滇中分析测试中心、玉溪师院大学生美育与素质拓展研究中心、濒危语言研究所、古生物研究所、民族文化与社会发展研究所。

学校积极开展科学研究，形成教学与科研的良性互动，不断提升服务地方经济社会发展能力。“十二五”以来，学校承担国内外科研项目418项，其中,纵向项目311项，横向项目107项，项目经费共2743.3153万元，其中纵向项目经费1171.29万元，横向项目经费1572.0253万元。纵向项目中国家社科基金项目13项，国家艺术基金1项,国家自然科学基金项目9项；省部级项目71项，地厅级项目217项。教师出版个人学术专著或编辑出版教材147部，发表论文1546篇，其中核心以上刊物发表论文462篇，有293篇论文被SCI、EI、ISTP和人大报刊复印资料收录，共有72项学术科研成果获省、市有关部门奖励。学校公开报刊有《玉溪师范学院学报》和《玉溪师范学院报》，与国内外高校、科研院所、企事业等多个单位建立了良好合作关系。

学校坚持国际化办学，先后与美国奥本大学、澳大利亚墨尔本大学、拉特罗布大学、韩国三育大学、泰国清莱皇家大学、呵叻皇家大学、华侨崇圣大学、蒙福学院、南邦学院，缅甸仰光外国语大学、老挝国立大学以及台湾东方设计学院、昆山大学、屏东教育大学等多所学校积极开展多种形式的联合办学、互派师生、学术文化交流。学校建有国内实习基地77个，国外实习基地25个，国外汉语言文化中心3个，并成为云南省华文教育基地和国家汉办汉语水平考试（HSK）考点。

学校全面推进素质教育，育人成效显著。学校现有大学生创新创业训练计划国家级立项项目14项，省级立项项目19项。在近年全国大学生数学建模大赛中荣获全国一等奖1项，全国二等奖9项，省级一等奖7项，二等奖23项。全国文化艺术节中3个作品获得全国最高奖项群星奖，全国美展有15幅作品入选，全国大学生艺术展演中，全校共有41件作品获奖；荣获“创青春”云南省大学生创业大赛参赛学校团体金奖，获全国大学生创业大赛铜奖三项。2015年学生参加各级各类比赛共获181个奖项，其中国家级奖项32个、省部级奖项113项。