2016年云南中医学院录取分数线尚未公布，以下是该校历年录取分数线，仅供参考：
理科
| 年份 | 最低 | 最高 | 平均 | 录取人数 | 录取批次 |
|---|---|---|---|---|---|
| 2014 | ------ | ------ | 563 | ------ | 第一批 |
| 2014 | ------ | ------ | 504 | ------ | 第二批 |
| 2013 | 490 | 547 | 516 | 89 | 第一批 |
| 2013 | 440 | 555 | 475 | 1057 | 第二批 |
| 2012 | 450 | 509 | 476 | 123 | 第一批 |
| 2012 | 400 | 504 | 436 | 1010 | 第二批 |
| 2011 | 454 | 504 | 477 | 42 | 第一批 |
| 2011 | 357 | 497 | 430 | 1088 | 第二批 |
| 2011 | 266 | 406 | 371 | 111 | 专科 |
| 2010 | 315 | 441 | 400 | 125 | 第一批 |
| 2010 | 432 | 538 | 465 | 951 | 第二批 |
| 2008 | 475 | 556 | 495 | 592 | 第二批 |
