根据财税[2006]10号文件的规定；企业为职工支付的补充医疗保险金不属于免税项目，应当征收个人所得税。根据目前的普遍做法，各地社会保险基金管理中心并不负责补充医疗基金的管理，通常做法是企业委托商业保险公司代为管理或由企业自行管理。如果企业将补充医疗保险委托商业性保险公司管理，则应当在保险公司落到被保险人的保险账户时代扣代缴个人所得税。
企业自行管理模式通常用于支付职工和退休人员在定点医疗机构和定点零售药店发生的费用，包括个人账户不足支付的医疗费用、基本医疗保险统筹基金支付之余应由个人支付的医疗费用以及大额医疗费用互助资金支付之余应由个人支付的医疗费用。补充医疗保险由企业管理。企业补充医疗保险费当年结余部分，结转下一年度使用。由于企业计提补充医疗保险时并没有落人个人账户，而且以后每位职工报销的医疗费用金额不等，这种管理模式就很难代扣代缴个人所得税。
四、解决之道
如果按照税局的规定，对补充医疗保险计缴个税，则应做以下账务处理
（一）会计处理问题。
（1）对委托商业性保险公司进行管理的补充医疗保险
（2）对纳入企业统筹由企业自行管理的补充医疗保险的会计处理同委托商业性保险公司进行管理的补充医疗保险。
（二）纳税问题。
（1）对委托商业性保险公司进行管理的补充医疗保险，应在计提时按照计提数直接合并入当月工资薪金进行个人所得税的计缴；
（2）对纳入企业统筹由企业自行管理的补充医疗保险，应在职工拿医院有效收费单据报销的当月，按实际报销金额合并入当月工资薪金进行个人所得税的计缴。
总结
对于委托商业保险公司进行管理的补充医疗保险，这笔钱最终属于职工，所以纳入各月工资薪金进行缴纳无疑；而对于纳入企业统筹由企业自行管理的补充医疗保险，因为职工并非直接接受到了这笔收入，故要求全部计入当月工资薪金进行计缴个税略显不公平，然而按照实报实销的金额合并进入当月工资薪金进行计缴个税难免存在税务风险，所以作者认为，是否可以考虑将纳入企业统筹方式的补充医疗保险，计入应付职工福利费，而非计入应付职工薪酬，以此方式来合理的避免这部分的金额计缴个税。
