南京大学周雷博士比较全面地阐述了他认为应当怎样研究污染问题：

柴静是很良善的记者，但是她用调查数据、归因和解析来重新阐述常识，并将其系统化，造成一种相信和感同身受效果。所以她的调查和崔永元自费调查，因为受制于知识观和认知模式，都无法进行真正认知意义的突破和突围。虽然，崔永元更是一个有人格魅力的人。提到煤的污染，她说到洗煤，却没有深究洗煤水的可能后果；提到能耗和油耗，她分析行业内幕和总量，却没有分析这些能耗的生成细节，哪些人主导了哪些消费并实现了何种污染扩散？中国的污染与世界经济的关联？中国现有污染机制的原因，它是学来的？还是内生的？在没有弄清楚问题是什么？为什么会出现这个问题之前，她在海外的调查几乎全是盲人摸象式数据。她提到伦敦的几百万污染行业工人转型，伦敦现有的环保模式，但却没有意识到整个西方，甚至整个人类都在外包和异化自己的认知。当那些污染行业从自身国家逐步淘汰，大气开始朗清，似乎就觉得问题解决了。柴静采访了一些老北京，说到儿时的记忆，似乎存在一个曾经有效和环保的北京style。这种逻辑和认知模式错得非常离谱。研究污染，从来应该多线并进，但不是用小分队调查的方式，而是能寻找到症候的发生机制。

然而，对于批评的反批评也已经出现。

李华芳在微博发表文章认为：批评柴静的学者那是因为“轴”和“酸”，学界游戏规则是占据知识山头，媒体游戏规则是靠故事煽动情感。你搞学术影响力人家搞媒体影响力彼此彼此啊。但重要的是，搞政治运动的人要学习柴静的动员能力，不然怎么煽动革命？至于普通人那就是搭便车的，“革命”不需要你们。

环球时报肯定会认为李华芳这是一厢情愿把柴静当作“革命”工具。虽然今天没有发表文章，但环球时报官方微博连续发声：“请那些不认同柴静的人，先好好看完那个纪录片。里面的干货很多，而且都来自于环保部门的专家和官员，给人感觉跟像是中国环保部门的一次集体控诉。那些纠结于柴静本人的人，你们应该看得更广一些，更高一些。”“其实如果大家看了这个片子，就会发现这个片子的主角并不是柴静，而是那些在我国各地，感到各种无力感的环保局的干部们。柴静只是一个记录者，她记录下的是环保立法和执法的种种无奈。如果看这个片子的最后，是去对柴静品头论足，那么你恐怕并没有看懂这个片子到底在说什么。”

崔永元显然比环球时报悲观，他对澎湃新闻表示：《穹顶之下》唯一的作用就是启蒙，但对于国家雾霾治理可以忽略不计。你可以推断一下，假如柴静拍了一个深入浅出的纪录片，让所有人都明白了雾霾的原因是什么，从而导致雾霾被彻底治理，那你说我们要那些部门干嘛用啊？