元丰八年神宗病死，哲宗年幼，高太后临朝，次年改元元祐，起用旧党司马光执政，苏轼被调回京都任中书舍人、翰林学士、知制诰等职。他不同意司马光“专欲变熙宁之法，不复校量利害，参用所长”。在罢废免役法问题上与旧党发生分歧。苏轼认为差役免役“二害轻重，盖略相等，今以彼易此，民未必乐”(《辩试馆职策问札子》)，这又引起了旧派疑忌，元祐四年，出知杭州。六年召回，贾易等人寻隙诬告，苏轼“七上封章乞除一郡”(《乞外补回避贾易札子》)，先后被派知颍州、扬州、定州。苏轼在杭州，曾减赋赈荒，掘湖修堤;在定州，曾整饬军纪，加强边备。在元祐保守气氛充满朝廷的时代，他仍然在力所能及的范围内不断进行某些兴革。

绍圣元年哲宗亲政，新党得势，贬斥元祐旧臣，苏轼又成为这些新贵打击的对象，被一贬再贬，由英州(今广东英德)、惠州，一直远放到儋州(今海南儋县)。尽管当时“饮食不具，药石无有”，条件极为艰苦，苏轼却能“食芋饮水，著书以为乐”。并对惠州百姓和黎族人民流露了深厚的同情。直到元符三年(1100)宋徽宗即位，他才遇赦北归。建中靖国元年(1101)七月死于常州。