12月4日，日军逼近南京外围。8日，日军占领南京外围阵地，已从北、东、南三面包围南京，此时南京守军只剩西面的长江一条退路，然而唐生智做出“背水一战”的姿态。一方面下令集中力量固守复廓阵地，另一方面命令销毁长江上全部渡船，并令宋希濂三十六师看守城内通向下关的唯一通道挹江门，严禁部队从此处退出。自此，南京城内守军和平民的退路被全部切断。10日，日军发动全线进攻，但直到12日仍未能突破南京城防。12日晚7时，唐生智突然下令突围撤退，自己乘保留的汽艇出逃。南京守军瓦解，大部向下关溃退，在挹江门与三十六师发生激烈冲突，最终击破城门逃至下关。由于渡船已经销毁，许多难民与士兵仅试图依靠木板渡江，最终大多冻溺江中。其他人见渡江无望，返回城内。许多士兵脱下军装躲入南京安全区。
掠杀经过
大规模集体屠杀
进城兵力约50000，执行军纪维持的宪兵却仅有17人的日军除了个别地或小规模地对南京居民随时随地任意杀戮之外，还对中国人，特别是解除了武装的军警人员进行若干次大规模的“集体屠杀”。大规糢屠杀方法有机枪射杀、集体活埋等，手段极其残忍。
12月15日(日军占领第3天)：已放下武器的中国军警人员3000余人被集体解赴汉中门外用机枪密集扫射，多当场遇难。负伤未死者亦与死者尸体同样遭受焚化。夜，解往鱼雷营的中国平民及已解除武装的中国军人9000余人被日军屠杀。又在宝塔桥一带屠杀3万余人。在中山北路防空壕附近枪杀200人。
12月16日(日军占领第4天)：位于南京安全区内的华侨招待所中躲避的中国男女难民5000余人被日军集体押往中山码头，双手反绑，排列成行。日军用机枪射杀后，弃尸于长江以毁尸灭迹。5000多人中仅白增荣、梁廷芳二人于中弹负伤后泅至对岸，得免于死。日军在四条巷屠杀400余人，在阴阳营屠杀100多人。
12月17日(日军占领第5天)：中国平民3000余人被日军押至煤炭港下游江边集体射杀。在放生寺、慈幼院避难的400余中国难民被集体射杀。
12月18日(日军占领的第6天)夜，下关草鞋峡。日军将从南京城内逃出被拘囚于幕府山的的中国难民男女老幼共57418人，除少数已被饿死或打死，全部用铅丝捆扎，驱集到下关草鞋峡，用机枪密集扫射，并对倒卧血泊中尚能呻吟挣扎者以乱刀砍戮。事后将所有尸骸浇以煤油焚化，以毁尸灭迹。此次屠杀仅有伍长德一人被焚未死，得以逃生。大方巷难民区内日军射杀4000余人。
