经过九十多年的建设与发展，学校已由初创时的单一学科，发展成为以医学为主，医、理、管、法、文多学科相互渗透、协调发展的医科大学，形成了以本科教育为主的多层次人才培养体系。无论是办学规模、办学质量、办学效益，还是师资队伍、教学科研能力、管理水平在全国同类院校中均具有一定优势。2006年，学校接受了教育部本科教学工作水平评估，被评为优秀。

学校现有第一临床医学院、第二临床医学院、汾阳学院、基础医学院、公共卫生学院、药学院、法医学院、护理学院、研究生学院、人文社会科学学院、继续教育学院、职业技术学院等12个二级学院，晋祠学院1所独立学院，口腔医学系、儿科医学系、麻醉学系、医学影像学系、外语系、信息管理系、体育教学部、计算机教学部8个直属系部，16所附属医院，100多个其他教学基地。

学校设有临床医学（五年制、七年制）、预防医学、法医学、口腔医学、医学影像学、麻醉学、护理学、药学、中药学、药物制剂、医学检验、生物制药、社会工作、信息管理与信息系统（医药方向）、公共事业管理（卫生事业管理方向）、英语（医学方向）16个本科专业。其中，七年制临床医学专业是山西省唯一的长学制专业。

学校生理学为国家重点学科，生物学、公共卫生与预防医学、临床医学3个一级学科设有博士后科研流动站，细胞生理学实验室为省部共建教育部重点实验室，临床医学、预防医学、法医学、药学、护理学5个专业为国家级特色专业建设点，临床技能实训中心为国家级实验教学示范中心，骨科学为国家临床重点专科；另有10个省级重点学科、3个省重点实验室、7个省级品牌专业、6个省级实验教学示范中心、2个省级工程研究中心。学校是全国首批硕士学位、学士学位授权单位，山西省首批博士学位授权单位，全国临床医学专业硕士学位、公共卫生专业硕士学位试点单位，现有3个一级学科、37个二级学科具有博士学位授予权，6个一级学科、54个二级学科具有硕士学位授予权。

“十一五”期间，学校共承担国家级、省部级科技计划项目1050项，学科建设与科研总经费1.5亿元；在国际性和国家级期刊发表科研论文3700余篇，其中SCI收录论文347篇；出版教材著作648部；获省部级科技奖励142项，获专利授权62项。

直属附属医院中，第一医院、第二医院是山西省规模最大的综合性三级甲等医院，全国百姓放心医院，共开放床位2473张，技术力量雄厚，医疗水平领先；口腔医院是省内唯一一所三级乙等口腔专科医院，拥有日本森田3D牙科CT机、德国西门子数字化全景机等一批先进医疗设备，开放牙科综合治疗椅76台。