其次，明确界定了非正常损失的范围。新旧增值税政策中非正常损失所负担的增值税均是不允许抵扣的，但是非正常损失的范围有差异。为了更能体现基于“形成损失的责任在企业，应该由企业负担”、“与企业生产经营密切相关的税务处理”的原则，新增值税政策规定的非正常损失将更多不由企业控制或者说企业根本无法控制的自然灾害损失排除在外，而仅仅局限在了因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失。

第一，增加了免税农产品购进的扣税基数中烟叶税的计算。新增值税政策中纳税人购进农产品采用计算扣税的方法，其计算方法与旧增值税政策基本相同，不同的是新增值税政策顺应国家取消农业特产税、出台由收购者自行缴纳烟叶税的规定，将原来计算基数中的“农业特产税”由“烟叶税”取代了。但计算基数的确定仍有差异。旧增值税政策中计算基数是免税农产品买价和农业特产税之和，而新增值税政策的计算是：烟叶收购金额=烟叶收购价款×(1+10%);烟叶税应纳税额=烟叶收购金额x适用税率(20%);计算扣除基数=烟叶收购金额+烟叶税应纳税额。

第二，取消了废旧物资的计算扣税方法。旧增值税政策对一般纳税人购进在废旧物资经营单位的废旧物资，按照成交金额的10%扣税。作出上述的规定，主要是由于废旧物资回收经营单位免征增值税，销售免税废旧物资的单位不允许开具和使用增值税专用发票。与此相比，新增值税政策变化较大。一是为了与《再生资源回收管理办法》衔接，将废旧物资的概念改用了再生资源的概念;二是取消原来对废旧物资回收企业销售废旧物资免征增值税的政策。改为单位和个人销售再生资源，应当依照新增值税政策细则的相关规定缴纳增值税，但对满足备案、有固定场地、通过金融机构结算的再生资源销售额占全部再生资源销售额的比重不低于80%等条件的废旧物资回收企业，按其销售再生资源实现的增值税的一定比例(2009年为70%，2010年为50%)实行增值税先征后退政策;三是取消企业购入废旧物资时按销售发票上注明的金额依10%计算抵扣进项税额的政策，改为增值税一般纳税人购进再生资源凭取得的增值税条例及其细则规定的扣税凭证抵扣进项税额的方式;四是对原印有“废旧物资”字样的专用发票停止使用，不再作为增值税扣税凭证抵扣进项税额。

(三)销售使用过的固定资产应纳税额的确定纳税人销售自己使用过的固定资产的计算，与旧增值税政策相比，新增值税政策也有较大的变化，主要有以下几点：