当红军到达会理时，许多红军指战员们已是衣衫褴褛，疲惫不堪。在中央红军中，江西人和湖南人很多，他们从江西走到四川的边远山区，觉得周围一切都很佰生，茫然不知所措，他们不会讲四川话，更担心再也找不到回江西或回湖南老家的路了，他们不无担心，互相议论，怪话也不少，但最为关切的问题是：到底要到那里去?有什么计划和打算?林彪也跟周围的同事多次议论过这些事。也对部队多跑了一些路很不满意，他把行军路线比作一张弓，说部队尽走"弓背路"，而不是走捷径的"弓弦路"。照这样走下去，会把部队的精力消耗殆尽的，像这样的领导怎么能行呢?到会理休整时，林彪就给彭德怀打电话，说：现在的领导不成了，你出来指挥吧。再这样走下去就要失败，我们服从你领导，你下命令，我们跟你走。

彭德怀没有敢公开赞同林彪的意见。聂荣臻当时也认为，这是四渡赤水以后到会理期间，在中央领导层中，泛起的一股小小的风浪，也算是遵义会议后一股小小的余波。当时对于林彪的做法，聂荣臻也明确表示："我不同意你的看法"。对林彪给彭德怀打电话的事，则进行了严肃地批评，说："你是什么地位?你怎么可以指定总司令，撤换统帅?我们的军队是党的军队，不是个人的军队。谁要造反，办不到!"并警告说："如果你擅自下命令部队行动我也可以以政治委员的名义下指令给部队不执行。"但林彪没有听聂的意见，林彪给中央三人小组写了一封信，表明个人意见。聂荣臻拒绝在信上签字，林彪就单独签字送上了。林信大意是：“毛、朱、周随军主持大计，请彭德怀任前敌指挥，迅速与四方面军会合。"

会理会议正确地分析了遵义会议以来的形势和总结了这一段时间的工作，对取得的成就和胜利作了充分的肯定和高度评价。同时会议又认真地研究了党内和红军中的思想状况，对于存在的一些错误思想和意见，也进行了批评，会议还印发了林彪给军事三人团的一封信，毛泽东在会上特别针对林彪批评说：对于战略战术的问题，你是个娃娃，你懂得什么?既然信的内容也牵涉到彭德怀，彭德怀在会上也发了言，批评林彪的信说：遵义会议才改变了领导人，这时又提出改变前敌指挥是不妥当的;特别提出我，则更不适当。周恩来、朱德等在会上发了言，支持毛泽东的意见，肯定了毛泽东的军事指挥。

长征胜利后，林彪又一次与毛泽东发生分歧，毛泽东主张红军奠基西北，林彪却主张到陕南打游击。