彭德怀没有敢公开赞同林彪的意见。聂荣臻当时也认为，这是四渡赤水以后到会理期间，在中央领导层中，泛起的一股小小的风浪，也算是遵义会议后一股小小的余波。当时对于林彪的做法，聂荣臻也明确表示："我不同意你的看法"。对林彪给彭德怀打电话的事，则进行了严肃地批评，说："你是什么地位?你怎么可以指定总司令，撤换统帅?我们的军队是党的军队，不是个人的军队。谁要造反，办不到!"并警告说："如果你擅自下命令部队行动我也可以以政治委员的名义下指令给部队不执行。"但林彪没有听聂的意见，林彪给中央三人小组写了一封信，表明个人意见。聂荣臻拒绝在信上签字，林彪就单独签字送上了。林信大意是：“毛、朱、周随军主持大计，请彭德怀任前敌指挥，迅速与四方面军会合。"

会理会议正确地分析了遵义会议以来的形势和总结了这一段时间的工作，对取得的成就和胜利作了充分的肯定和高度评价。同时会议又认真地研究了党内和红军中的思想状况，对于存在的一些错误思想和意见，也进行了批评，会议还印发了林彪给军事三人团的一封信，毛泽东在会上特别针对林彪批评说：对于战略战术的问题，你是个娃娃，你懂得什么?既然信的内容也牵涉到彭德怀，彭德怀在会上也发了言，批评林彪的信说：遵义会议才改变了领导人，这时又提出改变前敌指挥是不妥当的;特别提出我，则更不适当。周恩来、朱德等在会上发了言，支持毛泽东的意见，肯定了毛泽东的军事指挥。

长征胜利后，林彪又一次与毛泽东发生分歧，毛泽东主张红军奠基西北，林彪却主张到陕南打游击。

瓦窑堡会议之前，中央在向各军团首长征求对战略问题的意见时，林彪正式向中央提出了到陕南打游击的意见。一九三五年十二月九日，林彪给毛泽东写信说：“我对脱离现任职务改作游击战争已具有不移之心，一周来虽然数次向军委请求，而卒未获准，致我非常不安。目前实为脱离部队之惟一良机，故决不因任何故障而改变决心。且准备于不得已时，宁可忍受处分。我很盼望你最后仍赞助我的建议，则不胜欣慰。”随后又于十二月三次致电中央，坚持己见。

十二月十九日，毛泽东与张闻天联名发电给彭德怀，请彭德怀给林彪做思想工作，打消他“陕南打游击”的想法。此电称：“中央各同志均认为林彪同志是我们党内最好的、最优秀的高级干部之一。在过去以及最近二万五千里长征中，对中国革命，对于党内是有很大的功绩的，是有着中国及国际的荣誉的。”近日接他许多关于调动工作的信及电报，我们认为拿出他这样的干部离开主力军去做游击战争是不能同意的。但他心中存在着问题，他来中央一个时期，使他的意见能够同中央各同志交换，对他的不安心的问题，并且使他对于政治问题能够更好研究一番。他的职务以左权同志暂时代理。