学校有18个直属学院，3所直属附属医院，4所非直属附属医院，22个附属及共建研究所，15个研究中心；成立了由上海19家中医机构组成的医教研联合体。有3个教育部基地：中国大学生武术训练基地、国家大学生文化素质教育基地、国家理科基础研究和教学人才培养基地。中医药文化研究与传播中心是上海市普通高等学校社会人文科学重点研究基地。

学生规模为全日制在校生7395人，其中博士生551人、硕士生1567人，本科生3936人，专科生255人，留学生1136人；全日制在校生中港、澳、台地区学生218人。此外，成人教育学生3846人。每年有来自日、韩、俄、法、英、美、德、意等30余个国家和地区的短期留学生1200余人次。

学校是国家教育部"人才培养模式创新实验区"和"特色专业点"建设高校。有中医学、中西医结合医学、中药学3个一级学科博士学位授予点，24个二级学科博士学位授予点，35个二级学科硕士学位授予点，3个博士后流动站，博士学位授予专业覆盖全部中医药学科。在2010年的全国博士后流动站评估中，中药学科被评为全国唯一的中药一级学科"优秀"流动站；近年，有1篇博士论文被评为"全国优秀博士论文"，4篇博士论文获"全国优秀博士论文"提名。有14个本、专科专业（方向），除中医学、中药学、中西医临床本科专业外，还设有护理学、食品卫生与营养学、康复治疗学、药学等专业。学校还有12个继续教育的本、专科专业。学校已与14个国家和地区建立了科研、教学、医疗等合作关系。学校设有两个教育部备案的中外合作办学项目，分别是中英合作药学、中英合作护理学项目。

现有国家重点学科4个：中医外科学、中药学、中医内科学及中医骨伤科学；国家重点学科（培育）2个：中医医史文献学、针灸推拿学；国家中医药管理局重点学科38个；上海市重点学科（上海高校一流学科）6个。有1个教育部工程研究中心，3个教育部重点实验室，3个上海市重点实验室，8个国家中医药管理局重点研究室。其中国家重点学科数居全国中医院校第二、上海地方高校之首；在2012年的国家一级学科评估中，中药学一级学科排名全国第一，中医学一级学科排名全国第二，中西医结合一级学科排名全国第三。

上海中医药大学坚持"不重其大，重其优；不重其全，重其特；不重其名，重其实"的办学理念，坚持"研究教学型、特色型、外向型"的办学定位，是一所专业特色鲜明、全国一流、世界闻名的中医药高等学府。