现有国家重点学科4个：中医外科、中药学、中医内科及中医骨伤科学，另有国家重点学科（培育）2个：中医医史文献学、针灸推拿学；国家重点学科数居全国中医院校第二、上海地方高校之首。有38个中管局重点学科，6个上海市重点学科（上海高校一流学科）。有1个教育部工程研究中心，3个教育部重点实验室，3个上海市重点实验室，8个中管局重点研究室。在2012年的国家一级学科评估中，中药学一级学科排名全国第一，中医学一级学科排名全国第二，中西医结合一级学科排名全国第三。
上海中医药大学坚持“不重其大，重其优；不重其全，重其特；不重其名，重其实”的办学理念，坚持“研究教学型、特色型、外向型”的办学定位，是一所专业特色鲜明、全国一流、世界闻名的中医药高等学府。
经过高考的洗礼，欢迎上海中医药大学新生们步入了向往已久的大学殿堂。然而大学不是天堂，也不是娱乐场，而是步入职业前充电加油的场所，大学也会与想象中的不一样，原先升学的愿望已实现，新的目标尚未找到，难免陷入暂时的迷茫，同时也感觉到大学与中学有着截然不同的生活、学习方式，需要尽快转变角色，适应大学生活。为了让各位学子快速融入大学生活中去，入学全功率，送给上海中医药大学所有新生。
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