我校实行研究院与学校合署的管理体制，上海市中医药研究院是全国七大中医药研究中心之一。学校现有国家重点学科4个：中医外科、中药学、中医内科及中医骨伤科学，另有国家重点学科（培育）2个：中医医史文献学、针灸推拿学；教育部（省部共建）重点实验室2个，教育部工程中心1个；国家中医药管理局重点学科学科建设单位4个，三级实验室24个。上海市重点学科9个。上海市高校E-研究院2个；上海市教委第五期重点学科5个。上海市重点实验室1个。
学校坚持“不重其全，重其优；不重其大，重其特”的办学理念，以“研究教学型、特色型和外向型”为办学定位，全校师生朝着“全国一流、世界著名的中医药大学”办学目标共同前进。
