现有国家重点学科4个：中医外科学、中药学、中医内科学及中医骨伤科学；国家重点学科（培育）2个：中医医史文献学、针灸推拿学；国家中医药管理局重点学科38个；上海市重点学科（上海高校一流学科）6个。有1个教育部工程研究中心，3个教育部重点实验室，3个上海市重点实验室，8个国家中医药管理局重点研究室。其中国家重点学科数居全国中医院校第二、上海地方高校之首；在2012年的国家一级学科评估中，中药学一级学科排名全国第一，中医学一级学科排名全国第二，中西医结合一级学科排名全国第三。
上海中医药大学坚持“不重其大，重其优；不重其全，重其特；不重其名，重其实”的办学理念，坚持“研究教学型、特色型、外向型”的办学定位，是一所专业特色鲜明、全国一流、世界闻名的中医药高等学府。
