学校是国家教育部“人才培养模式创新实验区”和“特色专业点”建设高校。有中医学、中西医结合医学、中药学3个一级学科博士点，15个二级学科博士点，23个硕士点，3个博士后流动站，博士学位授予专业覆盖全部中医药学科。在2010年的全国博士后流动站评估中，中药学科被评为全国唯一的中药一级学科“优秀”流动站。有20个本、专科专业（方向），除中医学、中药学、中西医临床本科专业外，还设有护理学、营养学、康复治疗学、药学等专业。学校还有12个继续教育的本、专科专业。学校已与14个国家和地区建立了科研、教学、医疗等合作关系。学校设有两个教育部备案的中外合作办学项目，分别是中英合作药学、中英合作护理学项目。

现有国家重点学科4个：中医外科、中药学、中医内科及中医骨伤科学，另有国家重点学科（培育）2个：中医医史文献学、针灸推拿学；国家重点学科数居全国中医院校第二、上海地方高校之首。有38个中管局重点学科，6个上海市重点学科（上海高校一流学科）。有1个教育部工程研究中心，3个教育部重点实验室，3个上海市重点实验室，8个中管局重点研究室。在2012年的国家一级学科评估中，中药学一级学科排名全国第一，中医学一级学科排名全国第二，中西医结合一级学科排名全国第三。

上海中医药大学坚持“不重其大，重其优；不重其全，重其特；不重其名，重其实”的办学理念，坚持“研究教学型、特色型、外向型”的办学定位，是一所专业特色鲜明、全国一流、世界闻名的中医药高等学府。