有国家一级重点学科3个：生物学、基础医学、中西医结合。有国家二级重点学科12个：内科学（心血管病、肾病、传染病）、儿科学、神经病学、影像医学与核医学、外科学、眼科学、眼耳鼻喉科学、肿瘤学、妇产科学、流行病学与卫生统计学、药剂学、社会医学与卫生事业管理；有国家重点实验室1个：医学神经生物学，教育部重点实验室5个：医学分子病毒学、代谢分子医学、智能化递药、公共卫生安全、癌变与侵袭原理，卫生部重点实验室9个：糖复合物、抗生素临床药理、手功能重建、卫生技术评估、医学分子病毒学、听觉医学、近视眼研究、病毒性心脏病、新生儿疾病，上海市重点实验室8个：周围神经显微外科、医学图像处理与计算机辅助技术、器官移植、女性生殖内分泌相关疾病、视觉损害与重建、乳腺肿瘤、出生缺陷防治、老年医学临床。

上海医学院全面进入校区改扩建工程建设阶段，已启动一号医学科研楼、二号医学科研楼、学生书院、医科图书馆、综合游泳馆、地下停车库的楼宇建设。现有附属医院16所，其中直属医院6所，分别是复旦大学附属中山医院、复旦大学附属华山医院、复旦大学附属肿瘤医院、复旦大学附属妇产科医院、复旦大学附属儿科医院、复旦大学附属眼耳鼻喉科医院。非直属医院10所，分别是复旦大学附属金山医院、复旦大学附属上海市第五人民医院、上海市（复旦大学附属）公共卫生临床中心、复旦大学附属华东医院、复旦大学附属浦东医院、复旦大学附属精神卫生中心（筹）、复旦大学附属青浦区中心医院（筹）、复旦大学附属静安区中心医院（筹）、复旦大学附属闵行区中心医院（筹）、复旦大学附属口腔医院（筹）。