学校办学条件优良，教学实验室和专业实验室设施齐备。拥有国家远洋渔业工程技术研究中心、国家海洋生物科学国际联合研究中心、国家水产科学实验教学示范中心、国家食品科学与工程实验教学示范中心、上海海洋国家大学科技园；水产种质资源发掘与利用、大洋渔业资源可持续开发等教育部重点实验室（省部共建），淡水水产种质资源与利用、水产品贮藏保鲜质量安全风险评估等农业部重点实验室，国家水生动物病源库、团头鲂遗传育种中心、鱼类营养与环境生态研究中心、中国渔业发展战略研究中心、国家淡水水产品加工技术研发分中心（上海）、冷库及制冷设备质量监督检验测试中心、大洋渔业资源环境观测实验站、远洋渔业培训中心等农业部中心平台。拥有3个上海工程技术研究中心、3个上海高校重点实验室、1个上海市高校工程研究中心、1个上海高校协同创新中心、1个上海高校知识服务平台、1个上海高校水产养殖E-研究院、1个上海社会调查研究中心和1个上海高校人文社会科学重点研究基地等。建有国际海洋研究中心、中美（SHOU－NOAA）海洋遥感及渔业信息研究中心、淡水鱼加工利用研究室等一批国际合作平台。建有我国唯一一家拥有CNAS和CMA资质认定的船舶压载水实验室，洋山港海洋生态系统野外科学观测站、海洋测绘应用工程技术中心、食品安全研究中心等一批校级科研平台。学校在全国各地有157个教学实践基地，包括在上海市浦东新区、浙江省象山县的两个科研教学基地。

学校建有上海海洋大学海洋科学研究院，下设海洋经济研究中心、海洋文化研究中心、海洋政策与法律研究所、数字海洋研究所、海洋渔业遥感GIS实验室、中美海洋遥感研究中心、海洋生态系统与环境实验室、海洋生态环境与修复研究所、远洋渔业工程技术研究中心、海洋工程研究所、海洋药物与健康食品研究所、海洋生物系统和神经科学研究所、船舶压载水检测实验室等13个研究机构。建有中国渔业发展战略研究中心、公共管理研究所、外国语言研究所、翻译与词典研究中心、渔文化研究所，以及校史馆、三史馆、水生生物科技馆、鲸馆、大学生校园文化展示馆，拥有国内外闻名的鱼类研究室（标本室）。拥有现代化校园网络，建有服务中国水产行业的中国水产网。学校图书馆现有纸质图书约137万余册，电子图书约92万余册，数据库40余个，馆藏资源突出学校的海洋、水产、食品特色。由学校承办的《水产学报》、主办的《上海海洋大学学报》为中文核心期刊、中国科技核心期刊和中国科技论文统计源期刊等，其中《水产学报》获“中国百强报刊”“百种中国杰出学术期刊”等称号，学校还主办中国第一本水产类英文期刊《AquacultureandFisheries》。学校是上海市水产学会、上海市食品学会、上海市渔业经济研究会和上海市延安精神研究会挂靠单位。