学校已经形成“一体两翼”的校园格局：即以邯郸校区、江湾新校区为一体，以枫林校区、张江校区为两翼。占地面积244.32万平方米，校舍建筑面积149.23万平方米。此外，学校还拥有中山医院、华山医院等10个附属医院。

2005年复旦大学百年华诞。中共中央总书记、国家主席、中央军委主席胡锦涛发来贺信，希望复旦大学发扬优良传统，不断开拓创新，努力建设成为具有世界一流水平的社会主义综合性大学，为建设中国特色社会主义伟大事业培养更多德才兼备的高素质人才，为全面建设小康社会、实现中华民族的伟大复兴作出新的更大的贡献。

一百多年来，学校在培养人才、创新科技、传承文明、服务社会方面为国家作出突出贡献。复旦师生谨记“博学而笃志，切问而近思”的校训；严守“文明、健康、团结、奋发”的校风；力行“刻苦、严谨、求实、创新”的学风，发扬“爱国奉献、学术独立、海纳百川、追求卓越”的复旦精神，为民族的解放和振兴，国家的建设和发展，社会的文明和进步作出重要贡献。