山西中医药大学的前身为1978年创办的山西医学院中医大学班，1989年经原国家教委批准成立山西中医学院，2001年开始招收硕士研究生，2017年5月经教育部批准正式更名为山西中医药大学。

截至2017年6月，学校有太原、晋中2个校区，占地958亩；学校教学科研仪器设备总值达13358万元，馆藏纸质图书84.5万册，有电子图书38万种、电子资源数据库28个；学校下设14个二级教学机构，开办有23个本科专业；有教职医护员工3000余人，其中专任教师642人；有全日制在校生9145人，其中研究生620人。

山西医科大学晋祠学院，位于山西省太原市，是经山西省人民政府批准设立，由山西医科大学与四川希望教育产业集团合作举办，以新的机制和模式成立的全日制普通本科院校。

学院历史可以追溯到1996年创建的中日友好医学院。2002年6月，经山西省人民政府批准，山西医科大学晋祠学院成立，为山西医科大学二级学院。2003年，学院首次招录医学类本科生。2004年3月，被国家教育部确认为独立学院，是山西省唯一一所医学类独立学院，具有独立法人、独立校园、独立财务、独立颁发文凭资格。 

山西医科大学晋祠学院位于省城太原驰名中外的风景名胜区——晋祠，占地330亩，绿化面积达40%以上，拥有现代化的集医学形态、技能、机能等实脸室、电教室，计算机网络中心于一体的教学实验大楼及多媒体教室， 宽敞明亮、配套齐全的学生公寓楼；完善的后勤保障体系及丰富的文化、体育、娱乐等设施。