学校设有哲学研究所、人文科学研究所、周秦文化研究所、教育科学研究所、陕西文学研究所、陕西方言研究所、法学研究所、城乡经济研究所、计算机与信息科学研究所、非线性研究所、应用化学研究所、自动化研究所、计算机软件研究所、机电工程研究所、关中—天水经济区发展研究中心、体育科学研究所、关陇民间美术研究所、关陇宗教文化研究所、西府民间音乐研究所、渭河流域资源环境与生态文明研究所、横渠书院、翻译研究所及高教研究室、超快光学与光通信工程技术中心、计算数学与应用研究所、工程技术研究中心等研究机构。周秦伦理文化与现代道德价值研究中心、关陇方言与民俗研究中心为陕西省高校哲学社会科学重点研究基地。学校始终坚持以学科建设为龙头，确立了15个校级重点学科，其中哲学、数学、地理学、中国语言文学、化学、物理学等学科为陕西省重点学科。学校与美国、俄罗斯、日本、英国等国的有关大学、科研机构建立了协作关系，并有广泛的学术交流和友好往来。学校每年与美国俄克拉何马州中央大学、俄亥俄州穆斯静冈大学、路易斯安那州路易斯安那大学、爱尔兰都柏林大学、韩国东亚大学、庆星大学等国外大学和教育机构开展本科生交换学习、带薪实习、“2+2”本科双学位、国外游学、赴外读研、国外就业、国际大学生文化论坛等国际交流与合作项目。学校重视科学研究，学术气氛浓厚，“十一五”以来，获得各级各类科研项目2486项，其中国家级46项，省厅级743项，出版专著、译著163部，主编教材70部，发表论文10111篇，其中985篇被SCI、EI、ISTP收录或被《新华文摘》、《高等学校文科学术文摘》、人大复印报刊资料转载，获得各级各类科研奖励629项，其中省部级科研奖42项。学术期刊《宝鸡文理学院学报》（社会科学版）、（自然科学版）均面向国内外公开发行。其中，《宝鸡文理学院学报》（社会科学版）先后荣获全国首届《CAJ-CD规范》执行优秀期刊及第二届、第三届、第四届、第五届全国高校优秀社科期刊、陕西省高校优秀社科期刊等称号，“周秦文化及青铜器研究”、“张载与关学研究”多次被评为全国高校特色栏目；《宝鸡文理学院学报（自然科学版）》为全国首批入围的“中国科技期刊方阵”及“双效期刊”，并先后荣获全国高校优秀科技期刊编辑质量奖、陕西省科技期刊一等奖、陕西省高校特色期刊奖。同时，学校主办的《西部论坛》杂志主要面向我国西部地区发行，并在全国产生了一定影响。