经过九十多年的建设与发展，学校已由初创时的单一学科，发展成为以医学为主，医、理、管、法、文多学科相互渗透、协调发展的医科大学，形成了以本科教育为主的多层次人才培养体系。无论是办学规模、办学质量、办学效益，还是师资队伍、教学科研能力、管理水平在全国同类院校中均具有一定优势。2006年，学校接受了教育部本科教学工作水平评估，被评为优秀。

学校现有第一临床医学院、第二临床医学院、汾阳学院、基础医学院、公共卫生学院、药学院、法医学院、护理学院、研究生学院、人文社会科学学院、管理学院、继续教育学院(职业技术学院)12个二级学院，晋祠学院1所独立学院，口腔医学系、儿科医学系、麻醉学系、医学影像学系、外语系、思想政治理论教学研究部、体育教学部、计算机教学部、临床技能教学模拟医院9个直属系部，21所附属医院(其中非隶属附属医院18所)，27个教学医院，84个其它教学基地，14个研究生培养基地。

学校设有临床医学(五年制、“5+3”一体化)、预防医学、法医学、口腔医学、医学影像学、麻醉学、护理学、药学、中药学、药物制剂、医学检验技术、医学实验技术、生物制药、眼视光学、卫生检验与检疫、康复治疗学、运动康复、社会工作、信息管理与信息系统(医药方向)、公共事业管理(卫生事业管理方向)、劳动与社会保障、英语(医学方向)22个本科专业，涉及医学、工学、管理学、法学和文学五个学科门类。

学校生理学为国家重点学科，生物学、公共卫生与预防医学、临床医学3个一级学科设有博士后科研流动站，细胞生理学实验室为省部共建教育部重点实验室，临床医学、预防医学、法医学、药学、护理学5个专业为国家级特色专业建设点，临床技能实训中心为国家级实验教学示范中心，重症医学、泌尿外科学、中医护理学、骨科学、肾病学、普通外科学、老年病学、急诊医学、风湿免疫学、护理学、病理学、眼科学、心血管内科13个学科为国家临床重点专科;生物学为山西省优势重点学科，公共卫生与预防医学、临床医学、护理学为山西省特色重点学科。另有10个省级重点学科，5个省级特色专业、7个省级品牌专业，6个省级重点实验室，6个省级实验教学示范中心，2个省级虚拟仿真实验中心，2个省级工程技术研究中心，1个省级研究所(中心)。

学校是全国首批硕士学位、学士学位授权单位，山西省首批博士学位授权单位，现有生物学、临床医学、公共卫生与预防医学、护理学4个一级学科博士学位授权点，42个二级学科博士学位授权点;生物学、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、药学、中药学、护理学7个一级学科硕士学位授权点，57个二级学科硕士学位授权点;临床医学、口腔医学、公共卫生、护理、药学、应用心理、社会工作、图书情报8个硕士专业学位授权点。