近五年,承担科研项目1180项,其中国家级项目40项,省部级项目122项,厅局级项目212项;科研成果获省部级5项,获厅局级奖励129项;出版专著283部,教材43部;发表论文2131篇,其中被SCI等收录论文187篇;鉴定成果354项,获专利209项。中华医学会行为医学分会和山东省行为医学专业委员会挂靠学校,主办《中华行为医学与脑科学杂志》《中华诊断学电子杂志》《精神医学杂志》和《济宁医学院学报》,均向国内外公开发行。《中华行为医学与脑科学杂志》为中国权威学术期刊,名列基础医学类期刊第一名,并入选“中国科协精品科技期刊工程项目”。
学校坚持“为国家育人才,为大众谋健康”的办学宗旨,秉承“明德、仁爱、博学、至善”的校训,弘扬“求精、求是”的校风,薪火相传,矢志不渝,不懈奋斗,形成了“诲人不倦”的教风和“学而不厌”的学风。紧紧围绕建设“特色鲜明、国内知名的应用型现代医药科技大学”的宏伟目标,致力于培养“品德高尚、业务精湛、身心健康”的应用型人才,为国家和社会输送了大批专门人才。