学校重视科学研究，实施“一流学科建设计划”“1355科技创新工程”，不断强化优势特色，提高科技创新能力。建有2个省级重点学科、4个省文化艺术科学重点学科。建有校级科研机构18个，拥有1个国家级科普教育基地、9个省部级重点实验室（研究中心、基地）、5个省级（社）科普教育基地、3个省高校重点实验室（基地）和26个市厅级创新平台。承担国家级课题47项、省部级课题397项；获得专利授权586项，取得鉴定成果70项；获省部级以上科研成果奖49项、市厅级1782项。发表学术论文5917余篇，其中SCI、EI收录543篇；出版学术著作172部。《滨州学院学报》被评为“全国地方高校名刊”，“孙子研究”栏目入选教育部“名栏建设工程”。

学校积极服务社会和行业，主动对接“一带一路”“两区两圈”和“民航强国”等发展战略，制定实施《服务黄河三角洲行动计划（2016-2020年）》《服务航空业行动计划（2016-2020年）》，与山东社会科学院、滨州市政府、青岛科技大学、山东理工大学、山东科技大学、青岛国际机场、济南机场等签订战略合作协议。建有黄河三角洲高效生态经济发展研究院等一批服务区域、行业发展的创新平台，与地方政府、企业、行业签订合作协议100余项，合作项目637项，服务经费1000余万元；与地方、行业联合培养培训各类急需人才35000余名。

学校坚持引育并举，实施“三百工程”“黄河英才工程”“1121人才工程”“‘双师双能型’教师素质提升工程”，大力加强人才队伍建设。现有专任教师987人，其中，博士生导师4人、硕士生导师43人，教授、副教授322人，博士、硕士871人；有国家“千人计划”特聘教授1人、国务院政府特殊津贴获得者1人、全国社科普及专家1人、“黄河英才”特聘教授3人，山东省有突出贡献的中青年专家1人、省级优秀教学团队4个、省级教学名师7人、省级优秀教师6人、山东省高校首席专家2人。有双师型教师224人，聘请8名院士担任学校名誉院长、顾问或客座教授，聘任兼职教授和具有丰富实践经验的兼职教师212人。

学校坚持走特色办学之路，精心打造飞行技术和黄河三角洲生态、黄河三角洲文化、孙子文化研究等特色品牌。围绕服务我国民航事业，2006年设置了飞行技术专业，组建了飞行学院，成为全国第一家培养飞行员的地方普通本科院校；现有飞行学院、航空工程学院、机场学院、乘务学院等4个航空类学院，有飞行驾驶、飞行安全、民航机务工程、空中交通管理与签派、机场运行与管理、飞行器动力工程、飞行器制造工程、空中乘务等21个航空类专业（方向）；先后与中国国际货运航空公司、山东航空股份有限公司、海南航空股份有限公司等12家单位“订单式”联合培养飞行驾驶、飞行安全、空中乘务等运输航空人才，已有1700余名学生顺利毕业，有20余名毕业生升任机长；与山东海若通用航空有限公司、山东高翔通用航空有限公司等4家航空公司联合培养通用航空人才。借助地域地缘和文化优势，建有山东省黄河三角洲生态环境重点实验室、山东省黄河三角洲文化研究基地、山东省高校孙子兵法与兵学研究基地等，积极开展黄河三角洲生态环境、文化和孙子文化研究，取得了一系列成果。