医学专业齐全学校专业及课程建设适应社会需求，针对职业岗位，特色鲜明，重点突出。设有临床医学、口腔医学、护理、助产、药学、药品经营与管理、医学检验技术、康复治疗技术、中医康复技术、保险、眼视光技术、老年服务与管理共12个专业。其中临床医学、护理、助产专业为省级特色专业，临床医学和护理专业为中央财政支持重点建设专业。药理学、生理学、内科学、外科学等29门课程为省级精品课程。

科研成果丰硕学校近年来科研成果丰硕，先后承担教育部及省、市级科研课题306项。其中，2项达国际先进水平，132项达国内领先水平，129项达国内先进水平，获国家专利77项。编写教材、教学参考书及学术专著177部，发表论文1856篇，其中主编或参编国家级规划教材54部。《菏泽医学专科学校学报》为中国高职高专核心期刊。

就业深造并重(1)就业各专业毕业生综合素质好，基础理论扎实，操作技术熟练，深受聘用单位欢迎。主要就业于医疗卫生单位、药厂，就业质量高、稳定性强。各专业就业率均保持在85%以上，其中，护理专业就业率达97%，药学、药品经营与管理、保险专业就业率达100%。(2)升学大学三年级时，可通过参加山东省专升本考试，升入泰山医学院、潍坊医学院、济宁医学院、滨州医学院、山东中医药大学等本科院校。我校专升本录取人数和录取率连续16年位居山东省同类院校首位。护理、助产专业学生在校期间可报考高等教育自学考试，完成规定学业，在取得专科毕业证书后即可取得自学考试本科毕业证书，达到学士学位标准者，可获得医学学士学位。

60余年来，学校秉承“悬壶济世，孜孜以求”的校训，为社会培养各类医疗卫生技术人才近7万人，数千人考取了硕士、博士研究生，很多已成为当地医疗卫生部门的业务骨干和知名专家，多名担任了各级医疗卫生单位的领导职务，为我省乃至全国医疗卫生事业做出了应有的贡献。