学校实施“特色兴校”战略。依托滨州人文环境资源、高新技术和自身优势，精心打造飞行技术、孙子研究、安全文化、黄河三角洲生态、黄河三角洲文化、微分方程与动力系统、航空信息技术研发七大特色品牌。2006年组建了飞行学院，成为全国第一家培养飞行员的地方普通本科院校，填补了省内专业设置的空白。学校被正式纳入民航系统统一招生，并获取了民用航空飞行员执照考试资质和ATPL理论培训资质。现有飞行技术（飞行驾驶方向、飞行安全方向）、交通运输（民航机务工程方向）两个本科专业养成生649人；与山航、深航、海航、中国邮政航空公司和扬子江航空公司分别签订了飞行学员训练和就业合同，与山航签订了航空安全员就业合同，实现了飞行技术专业招生、培养、就业一条龙的办学模式，与美国泛亚、加拿大卡盖尔等国外航校建立了稳固的飞行培养基地，2006级学员已顺利毕业，到航空公司工作；先后与山东航空公司、海南航空公司联合培养“大改驾”飞行员300余人。建有全国高校第一个中国孙子研究院、第一个安全文化研究中心、第一家李大钊研究所；拥有山东省黄河三角洲生态环境重点实验室、山东省黄河三角洲文化研究基地、山东省安全文化研究基地、山东省航空信息技术研发基地、山东孙子文化产业研发基地、山东省工业污水资源化工程技术研究中心等7个省级科研平台和滨州市食品安全重点实验室、滨州市材料化学重点实验室、滨州市人文科学研究基地3个市级科研平台；中国安全生产科学研究院滨州分院建在我校。承担国家级课题12项、省部级课题119项、市厅级课题400余项，争取科研经费1800万元；出版专著、教材等160多部，发表论文3000余篇，其中被SCI、EI收录120多篇；取得鉴定成果24项，获专利授权14项；获国家级科研成果奖1项、省部级科研成果奖41项、市厅级科研成果奖385项。

学校实施“开放活校”战略。坚持“以服务求支持、以贡献求关心、以作为求地位”，组建了黄河三角洲高效生态经济发展研究院，启动“黄河三角洲技术转移中心（滨州）”建设，围绕黄河三角洲开发建设进行科学研究和科技创新；制定并实施《滨州学院服务滨州行动计划（2006-2010年）》、《滨州学院服务滨州科学发展行动计划（2011-2015年）》，搭建起校地合作、互利双赢平台，积极开展科技服务、培训服务、咨询服务、社区服务、合作共建，为滨州经济社会发展提供科技支撑和智力支持。目前，共有260余个项目达成合作意向，包括与齐星集团联合研发“电动自行车用锂电池”等50余个项目已合作完成，为地方培养培训急需实用型人才超过10000人。与澳大利亚、法国、俄罗斯等国外大学建立了校际交流与合作关系，开展了4个中外办学项目，接收外籍学生100余人，先后有30余位外国专家学者来校讲学、交流，外国文教专家100余人次来校任教。