学校近年来科研成果丰硕，先后承担教育部及省、市级科研课题286项。其中，2项达国际先进水平，132项达国内领先水平，129项达国内先进水平，获国家专利71项。编写教材、教学参考书及学术专著177部，发表论文1745篇，其中主编或参编国家级规划教材54部。《菏泽医学专科学校学报》为中国高职高专核心期刊。

学校致力于为基层和社区培养“下得去、留得住、用得上、信得过”的高素质医学技能型人才，以教学为中心、以质量求生存、以特色谋发展、以管理求效益，不断改善办学条件，大力加强内涵建设，教育水平和教学质量不断提高，学校教学质量高，各专业毕业生综合素质好，基础理论扎实，操作技术熟练，深受聘用单位欢迎。主要就业于医疗卫生单位、药厂，就业质量高、稳定性强。各专业就业率均保持在85%以上，其中，护理专业就业率达97%，药学、医药营销、医疗保险实务专业就业率达100%，毕业生社会认可度高。专升本录取人数和录取率连续14年位居山东省同类院校首位。护理、助产双证获取率高达98%。

学校积极推进对外交流与合作，与山东大学医学院、青岛大学医学院联合举办在职研究生进修班，开辟了与东南亚国家高校的学术交流，从新加坡、菲律宾等国家引进外籍教师从事英语教学，每年选拔成绩优秀、表现突出的学生赴英国深造。

学校先后获山东省普通高等学校教学管理先进单位、省级卫生先进单位、省级社会治安综合治理先进单位、省级文明单位、省级文明校园等荣誉称号