学校历来重视科学研究，取得一大批具有广泛影响的重要成果。建校初期的“公社数学”曾受到毛主席的赞扬，离子交换法制备碳酸钾获1978年全国科学大会奖。近年来，先后承担了国家“973”、“863”计划项目在内的一大批高层次科研项目，在应用数学、激光偏光、电气信息、生物资源开发与利用、土地规划、物理化学、孔子儒学、教育科学、体育科学等学科领域达到了较高水平。近三年累计承担国家级项目120余项，省部级项目220余项，省部级科研成果奖70余项。特别在人文社会科学研究方面具有独特优势，连续5次获得山东省社会科学优秀成果奖一等奖；近五年来获得国家社科基金项目总数列全省高校前三位；2016年教育部人文社科立项数居全国高校第十位。

学校秉承中国实学传统，切实履行大学服务社会职能。从上世纪50年代的“土蒸馏釜”到70年代的“跳流鼻坎”最优解，到80年代的“长清模式”、90年代的黄河三角洲可持续发展战略模式，对经济社会建设产生了重要影响。特别是我校运筹所的“优选法”和“统筹法”在支援成昆铁路建设中发挥了重要作用，于1978年获国家科技进步特等奖。近年来，学校积极参与山东半岛蓝色经济带、黄河三角洲高效生态经济区、鲁西经济隆起带建设，实施服务地方行动计划，在山东省新农村建设、土地利用规划、黄河三角洲生态农业综合开发、南四湖生态环境保护和生物资源利用、优秀传统文化传播等方面取得重大成果，“大蒜加工废水零排放技术的开发与应用”、“一种颗粒型固体超强酸催化剂及制备方法”等几十项科技成果已经成功实现转化，创造了良好经济效益。近三年来，学校获得横向课题项目150项，横向经费共计3700余万元，服务区域经济社会发展能力不断提升。

学校注重依托孔子故里独特历史文化资源优势，在传承创新优秀传统文化方面形成特色优势。坚持将传统文化的精华渗透到教育教学全过程，坚持立德树人，注重文化育人，积淀形成了人文特色鲜明的优良教风学风校风。在孔子及儒学研究领域形成了特色和优势，以孔子、儒学为主要研究方向的专门史（思想史）学科是博士学位授权点，建有博士后流动站，是“十一五”省级重点学科、“十二五”省级特色重点学科，建有山东唯一的省级人文社科类协同创新中心——“孔子与山东文化强省战略协同创新中心”、山东省高校首家国学院，承担山东省省属高校迄今为止唯一的国家社科基金重大招标项目——“历代孔府档案文献集成与研究及全文数据库建设”。在加拿大、韩国设立了孔子学院，在传统文化教育和中国文化“走出去”等方面取得了显著成绩。