2.固定资产控制薄弱
实行政府集中采购制度以后，行政事业单位固定资产的购得到了有效控制，但使用管理仍缺乏相关的内部控制，重购轻管现象比较普遍。如未按规定建立起定期财产盘点制度，购的固定资产未能及时登记入账，未登记固定资产明细账和实物卡片，责任不明确等，导致资产账实不符及资产流失。
3.财务管理弱化
财务部门的工作限于记账、算账、报账，与业务控制脱节，对单位重要事项的决策、实施过程和结果均不了解，未能对业务部门实施必要的财务控制和监督。票据管理不到位。未建立定期或不定期抽查制度，出现延期上缴收入，挪用公款问题;对使用后票据未能及时办理交验、核销，容易导致收入不入账、私设“小金库”等问题。
4.岗位设不够合理
由于多种原因，一些单位岗位安排不尽合理，存在一人多岗、不相容岗位兼职现象。记账人员、保管人员、经济业务决策人员及经办人员没有很好的分离制约，存在出纳兼复核、采购兼保管等现象，出现管理漏洞。
5.预算控制比较薄弱
首先是没有预算或预算编制比较粗糙，部门预算的编制一般根据当年财政状况、上年收支、预算单位自身的特点和业务进行核定，没有细化到具体项目，预算支出达不到逐笔进行核定的要求。其次是预算刚性不够，预算的计划性、科学性不强，预算调整追加较为频繁，资金使用缺乏预见性，削弱了预算的约束控制力。
四、行政事业单位内部控制薄弱的主要原因
1.内部控制观念淡薄
良好的内部控制意识是内部控制制度设计完善和有效运行的基本前提。但一
些单位的领导对内部控制制度重要性的认识还不到位，内控意识不强，重发展、轻控制，对内部控制知识缺乏基本了解，把内部控制看成仅是财务部门的事。
2.内部控制制度不完善
财政部制定的《内部会计控制规范》主要是针对企业的，对行政事业单位的适用性较差;有的单位虽然制定了一系列内控制度，但未能严格执行，对制度的执行及效果缺乏必要的监督，导致有章不循、违章不究，内部控制制度未能发挥应有的作用。
3.信息与沟通衔接不够
行政事业单位会计集中核算后，由会计核算中心对行政事业单位集中办理会计核算和监督业务，由于会计主体单位与核算部门不一致，双方沟通衔接不够，极易形成账物分离的资产管理现状，造成核算中心管账不管物、核算单位管物不管账、账物不符的问题，影响单位内部控制制度的有效实施。
