1985年，学校被市教育局命名为文明学校。
1986年，学校被南京市玄武区政府命名为文明单位。
1995年，南京市政府批准南京市第九中学为东南大学附属中学。
2002年7月，南京市新宁中学初中部并入南京九中，命名为南京市东南中学，为“南京九中北校区”。
2004年7月，南京理工大学附属中学并入该校，命名为南京九中震旦校区。
2005年7月，南京市在银城东苑新建一所初级中学交给南京九中办学，命名为南京九中弘光校区。
2011年8月，南京九中、九中初中部和九中弘光校区分设，并成立了九中教育集团，弘光校区独立为南京市弘光中学。
2012年4月，南京九中长江路校区和震旦校区又进行了实质性的合并，九中高中部“一校两区”的格局正式形成。
，南京九中的长江路校区为高一、高二年级，震旦校区为高三年级 。
