学校是国家批准有权授予博士学位、硕士学位和招收港、澳、台地区学员及外国留学生、国内高中保送生的院校。现有博士后流动站2个（药学、中药学），一级学科博士学位授权点2个, 二级学科博士学位授权点19个，一级学科硕士授权点7个，二级学科硕士授权点51个，硕士专业学位授权点4个。药剂学科为国家级重点学科，中药分析学为国家中医药管理局“十二五”中医药重点学科，学校2017年入选辽宁省一流大学重点建设高校。药学和中药学入选辽宁省高等学校一流学科，学校学科布局合理，特色鲜明，国内外学术影响力不断提升。根据ESI最新发布的数据，学校进入全国百强，排名第89位；在全球高校和研究机构中排名1601位，3个学科稳定进入ESI全球前1%，收集论文数为4550，引用数为43951，篇均引用为9.66。我校6名教授再次入选2016 Elsevier中国高被引学者榜单，入选人数在国内高校中排名第52位，在“药理学、毒理学和药剂学”领域排名全国第一；在最新发布的《2017自然指数中国内地高校TOP100》中，学校以年度文章数14篇，加权文章总值7.13位居全球高校707位，在全国高校中排名94位。主办的《沈阳药科大学学报》和《中国药物化学杂志》现已成为国家药学类核心期刊。

学校学术氛围浓厚，科研工作深入扎实。学校是国家中成药工程技术中心、沈阳国家新药安全性评价研究中心的重要组成单位，为国家化合物库环渤海卫星库牵头单位，拥有国家级平台1个、国家教育部重点实验室1个、国家发改委国家地方联合工程实验室1个、国家中医药管理局科研实验室和研究室6个、省级重点实验室（工程技术研究中心）25个、省级创新平台1个、省级协同创新中心1个、省级大学科技园1个、市级重点实验室（工程技术研究中心）12个。“十二五”以来，共主持承担国家、省、市等各级各类课题889项，其中国家“863”、“973”、国家重大科技专项、国家科技支撑计划、国家自然科学基金等国家级课题214项，经费到款2.93亿元；获得国家科技进步二等奖1项，省、部级科技进步奖9项、市级奖励5项，其中省、部级科技进步奖一等奖1项；获得临床批件6个，其中一类新药临床批件2个；申请中国发明专利636项，PCT专利10项，获得中国发明专利495项、国际发明专利10项；出版科技专著、译著70部；发表SCI收录论文2566篇，SCI收录论文数据居全国药学院校的前列。其中，在国际著名刊物Nature Nanotechnology(IF=34)上发表论文，在全球首次揭示了碳纳米管对甲基苯丙胺所致精神依赖性的显著抑制作用。