仲裁协议之所以具有独立性，是因为作为从合同的仲裁协议与主合同针对的是不同的法律关系。主合同关系到当事人在商事交易方面的义务，是双方当事人以追求互补利益为动机，在平等自愿基础上对双方当事人彼此间的权利义务关系所作出的一种约定，其更多地表现为双方当事人权利义务的对应关系，即一方当事人基于合同享有的权利正是对方当事人应当履行的义务，因而，这些条款作为衡量因违约而产生的请求权以及请求大小的标准，是要受合同效力的直接影响，即合同的无效当然导致合同这些条款的无效。而仲裁协议则与此不同。仲裁协议作为从合同只关系到通过仲裁方式解决因商事交易的义务而产生的纠纷，其不为对方当事人的利益而强加给一方当事人任何义务，它体现双方当事人的意思一致，因而，仲裁条款具有相对独立性，即合同的无效并不直接导致仲裁条款效力的丧失。
仲裁协议的独立性表明在当事人在选择解决他们之间纠纷的方式上拥有一定的意思自治，并且这种意思自治不仅受到法律的保护和尊重，而且当事人自己也要受到自己选择的制约。仲裁协议的独立性保证了仲裁协议在不同场合下的稳定性和可预见性，为一些在难以判别仲裁协议是否有效的情况下仲裁协议效力的确认提供了确认的依据和基础。
(二)仲裁协议与主合同的关联性
仲裁协议最主要的表现方式是仲裁条款，仲裁条款作为构成合同的组成部分，虽具有其独立性，但同时其与主合同的其他条款也有一定的依赖关系，具有一定的相互关联性。这种关联性主要表现为以下两个方面：1、仲裁条款效力的实现通常应以合同其他条款在履行过程中出现争议为前提条件的，如果没有发生争议，则仲裁条款的效力就无从实现;2、仲裁条款约定的提交仲裁机构仲裁的仲裁事项应是在履行主合同的条款过程中的发生的争议，如购销合同中的仲裁条款约定购销合同履行中的货物质量纠纷可提交仲裁，此时就不能就购销合同履行中的货款支付方面的纠纷提交仲裁。
二、确认仲裁协议实体依据
明确了仲裁协议的性质之后，我们来讨论一下确认仲裁协议仲裁协议是否有效的判断依据。
(一)普通情况下仲裁协议的确认
根据我国《仲裁法》的规定及有关实践处理中的原则，仲裁协议的合法有效必须符合下列条件：
1、签订仲裁协议的当事人具有缔约能力，即无民事行为能力和限制民事行为能力人签订的仲裁协议无效。这里的无民事行为能力人和限制民事行为能力人应理解为包括自然人和法人及其他组织。这样规定，是由于仲裁协议涉及当事人诉权之处理，是重大权益处分之法律行为，所以只能由完全民事行为能力人为之;
