秦纮，字世缨，单县人。景泰二年间的进士，被授予官南京御史。他弹劾要求治内官傅锁儿的罪，进谏要求停止江南采购翠毛、鱼?等的差使。权贵们很忌恨他，放出流言蜚语让朝廷内外知晓。恰好遇上官员考察，因而他被贬为湖广驿丞。成化十三年，他被提升为右佥都御史，巡抚山西，上奏告镇国将军奇涧等有罪。奇涧的父亲庆成王钟镒为此上奏辩解，并诬陷秦纮。皇上难以违背庆成王的意愿，把秦纮逮捕到司法部门治罪，但事情都没有实证。而内官尚亨去抄秦纮的家，把所抄得的破衣服等几件事上奏。皇上叹息说：“秦纮就穷到了这般地步吗？”便赐予宝钞万贯对他加以表扬。

小王子的数万骑兵侵犯大同，长驱直入到顺圣川，劫掠宣府境内。秦纮与总兵官周玉等主动出击，小王子的骑兵逃跑离去。不久敌寇又进犯劫掠兴宁口，秦纮率兵连续击退敌人，并追回被掳掠的东西，朝廷下玺书慰劳他们。

弘治元年，因为王恕的推荐，他被提升为左副都御史，督办漕运。他上奏章说：“太监、武将总督镇守两广的，大都放纵自己的亲信干扰商品交易，抬高私人的地位。擅自处理公事，乱杀无辜，勾结土人官吏干坏事谋利益。而天下镇守的官员都可以擅自倚仗军中的职位，受理百姓的诉讼，这不是国家的规矩，请严加禁止力求杜绝。总镇府从前有赏功所，每年储备金钱几万，费用支出没有账目，应当随都御史稽查。广、潮、南、韶多有盗贼，应当设立地方学校，编定保甲，以此杜绝盗贼之源。”皇上都听从了他的请求。秦纮刚莅临边镇的时候，弹劾总兵官安远侯柳景贪婪暴戾，柳景被捕下狱。柳景也攻击秦纮，经过调查没有旁证，司法部门判处柳景死刑。但柳景与周太后家联姻，有着很深厚、有力的背景，所以对秦纮不停地攻击。皇上下诏一并逮捕秦纮，当庭审讯，最后还是证明他没有罪。皇上便下诏赦免柳景一死，削夺官爵赋闲家居，而秦纮也被罢官回乡。大臣王恕等请求留任秦纮，没被采纳。朝廷臣僚又接连上奏章说秦纮可以委以重用。这样秦纮在家住了几个月，被起用为南京户部尚书。十一年，他因为患病离任。

十四年秋季，敌寇大肆入侵花马池，挫败官军于孔坝沟，一直深入到平凉。舆论称秦纮有威名，虽然年老还可以一用。朝廷便下诏起用他为户部尚书兼右副都御史，总领统辖各边疆的军务。秦纮快马赶到固原，巡视官军遭到战败的地方。秦纮亲自祭奠阵亡将士，掩埋他们的遗骸，上奏要求详细记录死于战争的指挥朱鼎等五人的业绩，抚恤战死的将士家属。